独立行政法人通則法の一部を改正する法律案要綱
第一 通則
一 定義
１ この法律において「行政法人」とは、中期目標行政法人又は行政執行法人として、この法律及び個別法の定めるところにより設立される法人をいうものとすること。
２ この法律において「中期目標行政法人」とは、国民生活及び社会経済の安定等の公共上の見地から確実に実施されることが必要であり、かつ、国が自ら主体となって直接に実施する必要のない事務及び事業であって、民間の主体に委ねた場合には必ずしも実施されないおそれがあるもの又は一の主体に独占して行わせることが必要であるもの（３において「公共上の事務等」という。）のうち、その特性に照らし、一定の自主性及び自律性を発揮しつつ中期的な視点に立って効果的に執行することが求められるものを行うことを目的とする法人であって、国が中期的な期間について定める業務運営に関する目標を達成するための計画に基づきその事務及び事業を効率的に行うものとして個別法で定めるものをいうものとすること。
３ この法律において「行政執行法人」とは、公共上の事務等のうち、その特性に照らし、国の行政事務と密接に関連して行われる国の指示その他の国の相当な関与の下に確実に執行することが求められるものを行うことを目的とする法人であって、国が事業年度ごとに定める業務運営に関する目標を達成するための計画に基づきその事務及び事業を効率的に行うものとして個別法で定めるものをいうものとすること。 （第二条関係）
二 業務の公共性、透明性及び自主性等
この法律及び個別法の運用に当たっては、行政法人の事務及び事業が内外の社会経済情勢を踏まえつつ適切に行われるよう、行政法人の事務及び事業の特性並びに行政法人の業務運営における自主性は、十分配慮されなければならないものとすること。 （第三条第三項関係）
三 名称
中期目標行政法人のうち、その主要な業務として、科学技術に関する試験、研究開発に係る事務及び事業を実施し、公益に資する研究開発に係る事務及び事業の最大限の成果を得ることを目的とするものとして個別法で定めるもの（以下「国立研究開発行政法人」という。）については、その名称中に国立研究開発行政法人という文字を使用するものとすること。 （第四条第二項関係）
第二 行政法人評価制度委員会
一 設置
総務省に、行政法人評価制度委員会（以下「委員会」という。）を置くものとすること。
（第十二条関係）
二 所掌事務等
１ 委員会は、次に掲げる事務をつかさどるものとすること。
イ 第四の二２により、総務大臣に意見を述べること。
ロ 第五の一３、第五の二６、第五の三４又は第六の三７により、主務大臣に意見を述べること。
ハ 第五の三５により、主務大臣に勧告をすること。
ニ 第五の四により、内閣総理大臣に対し、意見を具申すること。
ホ 行政法人の業務運営に係る評価（ヘにおいて「評価」という。）の制度に関する重要事項を調査審議し、必要があると認めるときは、総務大臣に意見を述べること。
ヘ 評価の実施に関する重要事項を調査審議し、評価の実施が著しく適正を欠くと認めるときは、主務大臣に意見を述べること。
ト その他法律によりその権限に属させられた事項を処理すること。
２ 委員会は、１のイ若しくはロに規定する規定又はホ若しくはヘの規定により意見を述べたときは、その内容を公表しなければならないものとすること。 （第十二条の二関係）
三 組織、委員等
１ 委員会は、委員十人以内で組織するものとすること。
２ 委員会に、特別の事項を調査審議させるため必要があるときは臨時委員を、専門の事項を調査させるため必要があるときは専門委員を置くことができるものとすること。
３ 委員、臨時委員及び専門委員は、内閣総理大臣が任命するものとすること。
４ 委員の任期は二年とし、委員、臨時委員及び専門委員は非常勤とすること。
５ 委員会に、委員長を置き、委員の互選により選任するものとし、委員長は、会務を総理し、委員会を代表するものとすること。
６ 委員会は、その所掌事務を遂行するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長に対し、資料の提出、意見の表明、説明その他必要な協力を求めることができるものとすること。
（第十二条の三から第十二条の八まで関係）
第三 役員及び職員
一 監事の職務及び権限等
１ 監事について、監査報告の作成、役員（監事を除く。）及び職員に対する事務及び事業の報告の求め、行政法人の業務及び財産の状況の調査、行政法人の子法人に対する事業の報告の求め、子法人の業務及び財産の状況の調査等に関する規定を設けること。
２ 監事は、役員（監事を除く。）が不正の行為をし、又は当該行為をするおそれがあると認める等のときは、遅滞なく、その旨を法人の長（当該役員が法人の長である場合においては、主務大臣）に報告しなければならないものとすること。 （第十九条第四項から第八項まで及び第十九条の二関係）
二 役員の任命
１ 法人の長又は監事は、主務大臣が内閣の承認を得て任命するものとすること。
２ 主務大臣は、１による法人の長又は監事の任命を行おうとするときは、次のいずれかに該当すると認める場合を除き、当該法人の長又は監事の職務の内容、勤務条件その他必要な事項を公示して候補者を募集するものとすること。
イ 行政法人の業務の実績及び現に法人の長又は監事の職にある者が挙げた顕著な業績に照らして当該者を再任することが適当である場合
ロ 法人の長又は監事の職にあった者が欠け、かつ、緊急に補欠を行う必要がある場合
ハ イ及びロに掲げるもののほか、当該行政法人の事務及び事業が国の行政機関の政策の遂行との適切な連携の下に行われる必要があることその他の当該事務及び事業の特性に照らして、当該事務及び事業を行うために欠くことのできない専門的な知識経験又は優れた識見を有する特定の者を任命することを必要とする特別の事情がある場合
３ 主務大臣は、１による法人の長の任命を行おうとするときは、多様な知識及び経験を活用した行政法人の適正かつ効率的な業務運営が行われるよう、当該法人の長であった者の経歴及び当該行政法人の役員に占める同種の職務の経歴を有する者の割合を考慮しなければならないものとすること。
４ 主務大臣は、１の承認を得ようとする場合には、公募の結果（２のイからハまでのいずれかに該当する場合にあっては、該当すると認める理由。５において同じ。）、当該任命を行おうとする理由、当該任命を行おうとする際に３の規定により考慮した事項並びに第五の二１又は第六の三１及び２の評価の結果その他承認を得るために必要と認める事項を記載した書面を内閣に提出しなければならないものとすること。
５ 主務大臣は、１により法人の長又は監事を任命したときは、公募の結果、当該任命を行った理由その他必要な事項を公表しなければならないものとすること。
６ ２、３及び５は、法人の長が役員（法人の長及び監事を除く。）を任命する場合について準用すること。 （第二十条関係）
三 役員の任期
１ 中期目標行政法人の長の任期は、当該中期目標行政法人の中期目標の期間の初日から末日までとすること。
２ １にかかわらず、国立研究開発行政法人の長の任期は、事業年度の初日に開始するものとし、その期間は、三年以上五年を超えない範囲内において年を単位として主務大臣が定める期間とすること。
３ 中期目標行政法人の監事の任期は、各中期目標の期間に対応して定めるものとし、当該対応する中期目標の期間の直前の中期目標の期間の最後の事業年度についての財務諸表承認日の翌日から、当該対応する中期目標の期間の最後の事業年度についての財務諸表承認日までとすること。
４ ３にかかわらず、国立研究開発行政法人の監事の任期は、各国立研究開発行政法人の長の任期と対応するものとし、当該対応する国立研究開発行政法人の長の任期の直前の事業年度についての財務諸表承認日の翌日から、当該任期中の最後の事業年度についての財務諸表承認日までとすること。
５ 行政執行法人の長の任期は、事業年度の初日に開始するものとし、その期間は、年を単位として個別法で定めるものとすること。
６ 行政執行法人の監事の任期は、各行政執行法人の長の任期と対応するものとし、当該対応する行政執行法人の長の任期の直前の事業年度についての財務諸表承認日の翌日から、当該任期中の最後の事業年度についての財務諸表承認日までとすること。 （第二十一条及び第二十一条の二関係）
四 役員の定年
行政法人は、社会一般の情勢を勘案して内閣総理大臣が定める基準に基づき、その役員の定年について規程を定め、これを主務大臣に届け出なければならないものとすること。 （第二十一条の三関係）
五 役員の義務及び責任
１ 行政法人の役員は、その業務について、法令、法令に基づいてする主務大臣の処分及び当該行政法人が定める業務方法書その他の規則を遵守し、当該行政法人のため忠実にその職務を遂行しなければならないものとすること。 （第二十一条の四関係）
２ 行政法人の役員等は、その任務を怠ったときは、行政法人に対し、これによって生じた損害を賠償する責任を負うこととし、一定の場合において、その責任の全部又は一部を免除することができるものとすること。 （第二十五条の二関係）
第四 業務運営
一 業務方法書
業務方法書には、役員（監事を除く。）の職務の執行がこの法律、個別法又は他の法令に適合することを確保するための体制その他行政法人の業務の適正を確保するための体制の整備に関する事項その他主務省令で定める事項を記載しなければならないものとすること。 （第二十八条第二項関係）
二 評価等の指針の策定
１ 総務大臣は、中期目標及び年度目標の策定並びに第五の二１並びに第六の三１及び２の評価に関する指針を定め、これを主務大臣に通知するとともに、公表しなければならないものとすること。
２ 総務大臣は、１の指針を定めようとするときは、あらかじめ、委員会の意見を聴かなければならないものとすること。
３ 主務大臣は、１の指針に基づき、中期目標及び年度目標を定めるとともに、第五の二１並びに第六の三１及び２の評価を行わなければならないものとすること。 （第二十八条の二関係）
第五 中期目標行政法人の業務運営
一 中期目標
１ 主務大臣は、三年以上五年以下の期間（国立研究開発行政法人にあっては、三年以上七年以下の期間）において中期目標行政法人が達成すべき中期目標を定め、これを当該中期目標行政法人に指示するとともに、公表しなければならないものとすること。
２ 中期目標においては、次に掲げる事項について、二１の評価を明確に行うことができるよう、具体的に定めるものとすること。
イ 中期目標の期間（１の期間の範囲内で主務大臣が定める期間をいう。以下同じ。）
ロ 業務運営の効率化に関する事項
ハ 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する事項
ニ 財務内容の改善に関する事項
ホ その他業務運営に関する重要事項
３ 主務大臣は、中期目標を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、その内容が二１の評価を明確に行うために十分に具体的なものであるかどうかについて、委員会（国立研究開発行政法人にあっては、政令で定めるところにより、委員会及び総合科学技術会議）の意見を聴かなければならないものとすること。
４ 主務大臣は、３により国立研究開発行政法人の中期目標に係る意見を聴こうとするときは、あらかじめ、審議会等（内閣府設置法（平成十一年法律第八十九号）第三十七条若しくは第五十四条又は国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第八条に規定する機関をいう。）で政令で定めるもの（以下「研究開発に関する審議会」という。）の意見を聴かなければならないものとすること。
５ 主務大臣は、研究開発に関して高い識見を有する外国人（日本の国籍を有しない者をいう。６において同じ。）を研究開発に関する審議会の委員に任命することができるものとすること。
６ ５の場合において、外国人である研究開発に関する審議会の委員は、研究開発に関する審議会の会務を総理し、研究開発に関する審議会を代表する者となることはできず、当該委員の数は、研究開発に関する審議会の委員の総数の五分の一を超えてはならないものとすること。 （第二十九条関係）
二 各事業年度に係る業務の実績等に関する評価等
１ 中期目標行政法人は、毎事業年度の終了後、次に掲げる事項について、主務大臣の評価を受けなければならないものとすること。
イ 当該事業年度における業務の実績
ロ 評価を受けようとする事業年度についての次の又はに掲げる区分に応じ、それぞれ又はに定める事項
に掲げる事業年度以外の事業年度 中期目標の期間の最初から当該事業年度末までの期間に係る中期計画の進捗状況（中期目標の期間の最後の事業年度にあっては、中期目標の期間における業務の実績）
中期目標の期間の最後の事業年度の直前の事業年度 中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績
２ 中期目標行政法人は、１の評価を受けようとするときは、主務省令で定めるところにより、各事業年度の終了後三月以内に、１イに掲げる事項及び１ロ又はに定める事項並びにこれらの事項についてそれぞれ自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を、主務大臣に提出するとともに、公表しなければならないものとすること。
３ １の評価は、１イに掲げる事項及び１ロ又はに定める事項についてそれぞれ総合的な評定を付して、行わなければならないものとすること。
４ 主務大臣は、国立研究開発行政法人に係る１の評価を行おうとするときは、あらかじめ、研究開発に関する審議会の意見を聴かなければならないものとすること。
５ 主務大臣は、１の評価を行ったときは、遅滞なく、当該中期目標行政法人に対して、その評価の結果を通知するとともに、公表しなければならないものとし、この場合において、１ロに定める事項について評価を行ったときは、委員会（国立研究開発行政法人にあっては、政令で定めるところにより、委員会及び総合科学技術会議）に対しても、遅滞なく、その評価の結果を通知しなければならないものとすること。
６ 委員会（国立研究開発行政法人にあっては、委員会及び総合科学技術会議）は、５により通知された評価の結果について、必要があると認めるときは、主務大臣に意見を述べなければならないものとすること。
７ 主務大臣は、１の評価の結果に基づき必要があると認めるときは、当該中期目標行政法人に対し、業務運営の改善その他の必要な措置を講ずることを命ずることができるものとすること。
（第三十二条関係）
三 中期目標の期間の終了時の検討
１ 主務大臣は、二１ロに定める事項について評価を行ったときは、中期目標の期間の終了時までに、当該中期目標行政法人の業務の継続又は組織の存続の必要性その他その業務及び組織の全般にわたる検討を行い、その結果に基づき、業務の廃止若しくは移管又は組織の廃止その他の所要の措置を講ずるものとすること。
２ 主務大臣は、国立研究開発行政法人について１による検討を行うに当たっては、研究開発に関する審議会の意見を聴かなければならないものとすること。
３ 主務大臣は、１の検討の結果及び１により講ずる措置の内容を委員会（国立研究開発行政法人にあっては、政令で定めるところにより、委員会及び総合科学技術会議）に通知するとともに、公表しなければならないものとすること。
４ 委員会（国立研究開発行政法人にあっては、委員会及び総合科学技術会議）は、３により通知された事項について、必要があると認めるときは、主務大臣に意見を述べなければならないものとすること。
５ ４の場合において、委員会は、中期目標行政法人の主要な事務及び事業の改廃に関し、主務大臣に勧告をすることができるものとすること。
６ 委員会は、５の勧告をしたときは、当該勧告の内容を内閣総理大臣に報告するとともに、公表しなければならないものとすること。
７ 委員会は、５の勧告をしたときは、主務大臣に対し、その勧告に基づいて講じた措置について報告を求めることができるものとすること。 （第三十五条関係）
四 内閣総理大臣への意見具申
委員会は、三５により勧告をした場合において特に必要があると認めるときは、内閣総理大臣に対し、当該勧告をした事項について内閣法（昭和二十二年法律第五号）第六条の規定による措置がとられるよう意見を具申することができるものとすること。 （第三十五条の二関係）
五 違法行為等の是正等
主務大臣は、中期目標行政法人若しくはその役員若しくは職員が、不正の行為若しくはこの法律、個別法若しくは他の法令に違反する行為をし、若しくは当該行為をするおそれがあると認めるとき、又は中期目標行政法人の業務運営が著しく適正を欠き、かつ、それを放置することにより公益を害することが明白である場合において、特に必要があると認めるときは、当該中期目標行政法人に対し、当該行為の是正又は業務運営の改善のため必要な措置をとるべきことを命ずることができるものとすること。
（第三十五条の三関係）
第六 行政執行法人の業務運営
一 年度目標
１ 主務大臣は、行政執行法人が達成すべき業務運営に関する年度目標を定め、これを当該行政執行法人に指示するとともに、公表しなければならないものとすること。
２ 年度目標においては、次に掲げる事項について、三１又は２の評価を明確に行うことができるよう、具体的に定めるものとすること。
イ 業務運営の効率化に関する事項
ロ 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する事項
ハ 財務内容の改善に関する事項
ニ その他業務運営に関する重要事項 （第三十五条の四関係）
二 事業計画
１ 行政執行法人は、一１の指示を受けたときは、毎事業年度の開始前に、年度目標に基づき、主務省令で定めるところにより、事業計画を作成し、主務大臣の認可を受けなければならないものとすること。
２ 事業計画においては、次に掲げる事項を定めるものとすること。
イ 業務運営の効率化に関する目標を達成するためとるべき措置
ロ 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
ハ 予算（人件費の見積りを含む。）、収支計画及び資金計画
ニ 短期借入金の限度額
ホ 不要財産又は不要財産となることが見込まれる財産がある場合には、当該財産の処分に関する計画
ヘ ホに規定する財産以外の重要な財産を譲渡し、又は担保に供しようとするときは、その計画
ト その他主務省令で定める業務運営に関する事項
３ 主務大臣は、１の認可をした事業計画が一２のイからニまでに掲げる事項の適正かつ確実な実施上不適当となったと認めるときは、その事業計画を変更すべきことを命ずることができるものとすること。
４ 行政執行法人は、１の認可を受けたときは、遅滞なく、その事業計画を公表しなければならないものとすること。 （第三十五条の五関係）
三 各事業年度に係る業務の実績に関する評価
１ 行政執行法人は、毎事業年度の終了後、当該事業年度における業務の実績について、主務大臣の評価を受けなければならないものとすること。
２ 行政執行法人は、１の評価のほか、三年以上五年以下の期間で主務省令で定める期間の最後の事業年度の終了後、当該期間における年度目標に定める業務運営の効率化に関する事項の実施状況について、主務大臣の評価を受けなければならないものとすること。
３ 行政執行法人は、１の評価を受けようとするときは、主務省令で定めるところにより、各事業年度の終了後三月以内に、１に規定する業務の実績及び当該業務の実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を、主務大臣に提出するとともに、公表しなければならないものとすること。
４ 行政執行法人は、２の評価を受けようとするときは、主務省令で定めるところにより、２に規定する事業年度の終了後三月以内に、２に規定する事項の実施状況及び当該事項の実施状況について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書を、主務大臣に提出するとともに、公表しなければならないものとすること。
５ １又は２の評価は、１に規定する業務の実績又は２に規定する事項の実施状況について総合的な評定を付して、行わなければならないものとすること。
６ 主務大臣は、１又は２の評価を行ったときは、遅滞なく、当該行政執行法人に対して、その評価の結果を通知するとともに、公表しなければならないものとし、この場合において、２の評価を行ったときは、委員会に対しても、遅滞なく、その評価の結果を通知しなければならないものとすること。
７ 委員会は、６により通知された評価の結果について、必要があると認めるときは、主務大臣に意見を述べなければならないものとすること。 （第三十五条の六関係）
四 監督命令
主務大臣は、年度目標を達成するためその他この法律又は個別法を施行するため特に必要があると認めるときは、行政執行法人に対し、その業務に関し監督上必要な命令をすることができるものとすること。 （第三十五条の七関係）
第七 財務及び会計
一 財務諸表
附属明細書等の公告について、官報による公告に代えて電子公告等による公告をすることができるものとすること。 （第三十八条第四項及び第五項関係）
二 会計監査人の監査
会計監査人について、会計監査報告の作成、会計帳簿等の閲覧及び謄写、役員（監事を除く。）及び職員に対する会計に関する報告の求め、行政法人の子法人に対する会計に関する報告の求め、行政法人又はその子法人の業務及び財産の状況の調査等に関する規定を設けること。 （第三十九条関係）
三 監事に対する報告
１ 会計監査人は、その職務を行うに際して役員（監事を除く。）の職務の執行に関し不正の行為又はこの法律、個別法若しくは他の法令に違反する重大な事実があることを発見したときは、遅滞なく、これを監事に報告しなければならないものとすること。
２ 監事は、その職務を行うため必要があると認めるときは、会計監査人に対し、その監査に関する報告を求めることができるものとすること。 （第三十九条の二関係）
四 会計監査人の資格等
会計監査人に選任された監査法人は、その社員の中から会計監査人の職務を行うべき者を選定し、これを行政法人に通知しなければならないものとするとともに、会計監査人になることができない者を定めること。 （第四十一条関係）
五 財源措置
行政法人は、業務運営に当たっては、交付金について、国民から徴収された税金その他の貴重な財源で賄われるものであることに留意し、法令の規定及び中期目標行政法人の中期計画又は行政執行法人の事業計画に従って適切かつ効率的に使用するよう努めなければならないものとすること。
（第四十六条第二項関係）
第八 中期目標行政法人の人事管理
一 役員の報酬等
中期目標行政法人の役員に対する報酬の額は、国家公務員の給与、民間企業の役員の報酬その他の事情を勘案して内閣総理大臣が定める額を超えてはならないものとすること。 （第五十条の二第一項関係）
二 他の中期目標行政法人役職員についての依頼等の規制
１ 中期目標行政法人の役員又は職員（非常勤の者を除く。以下「中期目標行政法人役職員」という。）は、密接関係法人等に対し、当該中期目標行政法人の他の中期目標行政法人役職員をその離職後に、若しくは当該中期目標行政法人の中期目標行政法人役職員であった者を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的として、当該他の中期目標行政法人役職員若しくは当該中期目標行政法人役職員であった者に関する情報を提供し、若しくは当該地位に関する情報の提供を依頼し、又は当該他の中期目標行政法人役職員をその離職後に、若しくは当該中期目標行政法人役職員であった者を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを要求し、若しくは依頼してはならないものとすること。
２ １の規定は、次に掲げる場合には、適用しないものとすること。
イ 基礎研究、福祉に関する業務その他の円滑な再就職に特に配慮を要する業務として政令で定めるものに従事し、若しくは従事していた他の中期目標行政法人役職員又はこれらの業務に従事していた中期目標行政法人役職員であった者を密接関係法人等の地位に就かせることを目的として行う場合
ロ 退職手当通算予定役職員を退職手当通算法人等の地位に就かせることを目的として行う場合
ハ 大学その他の教育研究機関の研究者であった者であって任期（五年以内に限る。）を定めて専ら研究に従事する職員として採用された他の中期目標行政法人役職員を密接関係法人等の地位に就かせることを目的として行う場合
ニ 第五の二１イに掲げる事項及び第五の二１ロに定める事項についての評価の結果に基づき中期目標行政法人の業務の縮小又は内部組織の合理化が行われることにより、当該中期目標行政法人の組織の意思決定の権限を実質的に有しない地位として主務大臣が指定したもの以外の地位に就いたことがない他の中期目標行政法人役職員が離職を余儀なくされることが見込まれる場合において、当該他の中期目標行政法人役職員を密接関係法人等の地位に就かせることを目的として行うとき。
ホ 第五の三１による措置であって政令で定める人数以上の中期目標行政法人役職員が離職を余儀なくされることが見込まれるものを行うため、当該中期目標行政法人役職員の離職後の就職の援助のための措置に関する計画を作成し、主務大臣の認定を受けている場合において、当該計画における離職後の就職の援助の対象者である他の中期目標行政法人役職員を密接関係法人等の地位に就かせることを目的として行うとき。
３ 密接関係法人等、退職手当通算法人等、退職手当通算予定役職員の用語の定義について所要の規定を整備すること。
４ １の規定によるもののほか、中期目標行政法人の役員又は職員は、この法律、個別法若しくは他の法令若しくは当該中期目標行政法人が定める業務方法書若しくは会計規程その他の規則に違反する職務上の行為（以下「法令等違反行為」という。）をすること若しくはしたこと又は当該中期目標行政法人の他の役員若しくは職員に法令等違反行為をさせること若しくはさせたことに関し、営利企業等に対し、当該中期目標行政法人の他の役員若しくは職員をその離職後に、又は当該中期目標行政法人の他の役員若しくは職員であった者を、当該営利企業等の地位に就かせることを要求し、又は依頼してはならないものとすること。 （第五十条の四関係）
三 法令等違反行為に関する在職中の求職の規制
中期目標行政法人の役員又は職員は、法令等違反行為をすること若しくはしたこと又は中期目標行政法人の他の役員若しくは職員に法令等違反行為をさせること若しくはさせたことに関し、営利企業等に対し、離職後に当該営利企業等の地位に就くことを要求し、又は約束してはならないものとすること。
（第五十条の五関係）
四 再就職者による法令等違反行為の依頼等の届出
中期目標行政法人の役員又は職員は、次に掲げる要求又は依頼を受けたときは、政令で定めるところにより、当該中期目標行政法人の長にその旨を届け出なければならないものとすること。
１ 再就職者が、離職後二年を経過するまでの間に、離職前五年間に在職していた当該中期目標行政法人の内部組織として主務省令で定めるものに属する役員又は職員に対して行う、当該中期目標行政法人と当該営利企業等との間で締結される売買、賃借、請負その他の契約又は当該営利企業等に対して行われる行政手続法（平成五年法律第八十八号）第二条第二号に規定する処分に関する事務（当該中期目標行政法人の業務に係るものに限る。２において「契約等事務」という。）であって離職前五年間の職務に属するものに関する法令等違反行為の要求又は依頼
２ １に掲げるもののほか、再就職者のうち、当該中期目標行政法人の役員又は管理若しくは監督の地位として主務省令で定めるものに就いていた者が、離職後二年を経過するまでの間に、当該中期目標行政法人の役員又は職員に対して行う、契約等事務に関する法令等違反行為の要求又は依頼
３ １及び２に掲げるもののほか、再就職者が行う、当該中期目標行政法人と営利企業等（当該再就職者が現にその地位に就いているものに限る。）との間の契約であって当該中期目標行政法人においてその締結について自らが決定したもの又は当該中期目標行政法人による当該営利企業等に対する行政手続法第二条第二号に規定する処分であって自らが決定したものに関する法令等違反行為の要求又は依頼 （第五十条の六関係）
五 中期目標行政法人の長への届出
１ 中期目標行政法人役職員（退職手当通算予定役職員を除く。）は、離職後に営利企業等の地位に就くことを約束した場合には、速やかに、政令で定めるところにより、中期目標行政法人の長に政令で定める事項を届け出なければならないものとすること。
２ １の規定による届出を受けた中期目標行政法人の長は、当該中期目標行政法人の業務の公正性を確保する観点から、当該届出を行った中期目標行政法人役職員の職務が適正に行われるよう、人事管理上の措置を講ずるものとすること。 （第五十条の七関係）
六 中期目標行政法人の長がとるべき措置等
１ 中期目標行政法人の長は、当該中期目標行政法人の役員又は職員が二から五までの規定に違反する行為をしたと認めるときは、当該役員又は職員に対する監督上の措置及び当該中期目標行政法人における当該規定の遵守を確保するために必要な措置を講じなければならないものとすること。
２ 四の規定による届出を受けた中期目標行政法人の長は、当該届出に係る要求又は依頼の事実があると認めるときは、当該要求又は依頼に係る法令等違反行為を確実に抑止するために必要な措置を講じなければならないものとすること。
３ 中期目標行政法人の長は、毎年度、四の規定による届出並びに１及び２の措置の内容を取りまとめ、政令で定めるところにより、主務大臣に報告しなければならないものとすること。
（第五十条の八関係）
七 政令への委任
二から六までの規定の実施に関し必要な手続は、政令で定めるものとすること。（第五十条の九関係）
八 職員の給与等
中期目標行政法人の職員の給与等の支給の基準は、一般職の職員の給与に関する法律（昭和二十五年法律第九十五号）の適用を受ける国家公務員の給与等、民間企業の従業員の給与等、当該中期目標行政法人の業務の実績並びに職員の職務の特性及び雇用形態その他の事情を考慮して定められなければならないものとすること。 （第五十条の十第三項関係）
第九 行政執行法人の役員の報酬等
行政執行法人の役員に対する報酬の額は、国家公務員の給与を参酌し、かつ、民間企業の役員の報酬その他の事情を勘案して内閣総理大臣が定める額を超えてはならないものとすること。
（第五十二条第一項関係）
第十 罰則
罰則について所要の規定を設けること。 （第六十九条から第七十一条まで関係）
第十一 附則
一 施行期日
この法律は、公布の日から起算して二年を超えない範囲内において政令で定める日から施行すること。ただし、次の１及び２に掲げる規定は、それぞれに定める日から施行すること。
１ 二１イ、二２及び三並びに二４の一部の規定 公布の日
２ 二１ロ及び二４の一部の規定 公布の日から起算して一年六月を超えない範囲内において政令で定める日 （附則第一条関係）
二 経過措置
１ 準備行為
イ 行政法人の役員の任命に関し必要な手続その他の行為は、この法律の施行前においても新法の規定の例により行うことができるものとすること。 （附則第二条第一項関係）
ロ 第四の二１による指針の策定、第五の一１による中期目標の策定及び第六の一１による年度目標の策定並びにこれらに関し必要な手続その他の行為は、この法律の施行前においても新法の規定の例により行うことができるものとすること。 （附則第二条第二項関係）
２ 独立行政法人の中期目標の期間に関する特例
イ この法律の公布の日前に定められた独立行政法人の中期目標の期間であって、この法律の公布の日から施行日の前々日までの間に終わるものとされたものについては、この法律による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第二項第一号の規定にかかわらず、施行日の前日まで延長されるものとすること。
ロ この法律の公布の日前に定められた独立行政法人の中期目標の期間であって、施行日以後に終わるものとされたものについては、この法律による改正前の独立行政法人通則法第二十九条第二項第一号の規定にかかわらず、施行日の前日に終わるものとすること。 （附則第十一条関係）
３ 独立行政法人国立公文書館に関する経過措置
独立行政法人国立公文書館については、この法律による改正前の独立行政法人通則法の規定は、公文書等の管理に関する法律附則第十三条第一項の規定に基づく必要な措置が講ぜられるまでの間は、なおその効力を有するものとすること。 （附則第十五条関係）
４ １から３までの他この法律の施行に関し必要な経過措置について定めること。
（附則第三条から第十条まで、第十二条から第十四条まで、第十六条及び第十七条関係）
三 関係法律の整備
この法律の施行に伴う関係法律の整備については、別に法律で定めること。 （附則第十八条関係）
四 検討
１ 政府は、この法律の施行後五年を目途として、研究開発に係る事務及び事業を実施していた独立行政法人について施行日までに行われた廃止、統合その他の組織の見直し、当該見直し後の業務の運営の状況、研究開発の成果の実用化によるイノベーションの創出（研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律（平成二十年法律第六十三号）第二条第五項に規定するイノベーションの創出をいう。）の促進を図るための体制の整備の状況その他研究開発に係る国の体制の状況を踏まえつつ、国立研究開発行政法人に係る制度の在り方について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとすること。（附則第十九条第一項関係）
２ 政府は、１に定める事項のほか、この法律の施行後五年を目途として、この法律の施行の状況を踏まえ、行政法人に係る制度の在り方について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとすること。 （附則第十九条第二項関係）