法律第五十三号（平二〇・六・六）
◎海上運送法及び船員法の一部を改正する法律
（海上運送法の一部改正）
第一条 海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）の一部を次のように改正する。
目次中「−第三十九条」を削り、「第四章 海上運送事業に使用する船舶の規格及び船級（第四十条・第四十一条）」を
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第四章 日本船舶及び船員の確保（第三十四条−第三十九条の四） |
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第五章 海上運送事業に使用する船舶の規格及び船級（第四十条・第四十一条） |
」 |
に、「第五章」を「第六章」に、「第六章」を「第七章」に改める。
第二十五条に次の一項を加える。
３ 第一項の規定による検査又は質問の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。
第二十六条第一項中「本邦の各港間の航海であつて、当該」を削り、「且つ」を「かつ」に改め、同条第二項中「前項」を「第一項」に、「こえない」を「超えない」に改め、同項を同条第四項とし、同条第一項の次に次の二項を加える。
２ 国土交通大臣は、前項の規定による命令を行うに当たつては、当該命令により航海に従事する船舶及び船員の安全の確保に配慮しなければならない。
３ 国土交通大臣は、第一項の規定による命令をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、当該命令により航海に従事する船舶である旨の証明書を当該船舶の船長に交付しなければならない。
第三十四条から第三十九条までを削る。
第五十条第二十一号及び第二十二号中「含む。）」の下に「又は第三十九条の四第一項」を加える。
第五十二条中「第四十四条の二」を「第三十九条第一項又は第四十四条の二」に改める。
第六章を第七章とし、第五章を第六章とし、第四章を第五章とする。
第三十三条の次に次の一章を加える。
第四章 日本船舶及び船員の確保
（基本方針）
第三十四条 国土交通大臣は、安定的な海上輸送の確保を図るために必要な日本船舶（船舶法（明治三十二年法律第四十六号）第一条に規定する日本船舶をいう。以下同じ。）の確保、これに乗り組む船員の育成及び確保その他これらに関連する措置（以下「日本船舶及び船員の確保」という。）に関する施策の総合的かつ計画的な推進を図るための基本的な方針（以下「基本方針」という。）を定めるものとする。
２ 基本方針は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一 日本船舶及び船員の確保の意義及び目標に関する事項
二 日本船舶及び船員の確保のために政府が実施すべき施策に関する基本的な方針
三 船舶運航事業者等（日本船舶及び船員の確保を行おうとする船舶運航事業者その他の者をいう。以下同じ。）が講ずべき措置に関する基本的な事項
四 次条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画の同条第三項の認定に関する基本的な事項
五 前各号に掲げるもののほか、日本船舶及び船員の確保のために必要な事項
３ 基本方針は、船舶運航事業者等の競争力の確保を考慮して定めるものとする。
４ 国土交通大臣は、情勢の推移により必要が生じたときは、基本方針を変更するものとする。
５ 国土交通大臣は、基本方針を定め、又はこれを変更しようとするときは、交通政策審議会の意見を聴くものとする。
６ 国土交通大臣は、基本方針を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表するものとする。
（日本船舶・船員確保計画）
第三十五条 船舶運航事業者等は、国土交通省令で定めるところにより、単独で又は共同で、日本船舶及び船員の確保についての計画（以下「日本船舶・船員確保計画」という。）を作成して、国土交通大臣の認定を申請することができる。
２ 日本船舶・船員確保計画には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 日本船舶及び船員の確保の目標
二 日本船舶及び船員の確保の内容
三 計画期間
四 日本船舶及び船員の確保の実施に必要な資金の額及びその調達方法
五 前各号に掲げるもののほか、国土交通省令で定める事項
３ 国土交通大臣は、第一項の規定による認定の申請があつた場合において、その日本船舶・船員確保計画が次の各号のいずれにも適合するものであると認めるときは、その認定をするものとする。この場合において、第四号（船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）第五十五条第一項に規定する船員派遣事業の許可に係る部分に限る。）に係る日本船舶・船員確保計画の認定については、交通政策審議会の意見を聴くものとする。
一 基本方針に適合するものであること。
二 確実かつ効果的に実施されると見込まれるものであること。
三 計画期間が国土交通省令で定める期間であること。
四 船員職業安定法第五十五条第一項に規定する船員派遣事業の許可又は同法第六十条第二項の規定による許可の有効期間の更新を要するものにあつては、当該事業を実施する者が同法第五十六条各号（同法第六十条第二項の規定による許可の有効期間の更新を要するものにあつては、同法第五十六条第四号を除く。）のいずれにも該当せず、かつ、当該事業の内容が同法第五十七条第一項各号に掲げる基準に適合すること。
五 第三十八条に規定する課税の特例の適用を受けようとするものにあつては、当該特例の適用を受けようとする者が対外船舶運航事業（本邦の港と本邦以外の地域の港との間又は本邦以外の地域の各港間において行う船舶運航事業をいう。以下同じ。）を営む者であり、かつ、前項第一号に掲げる日本船舶及び船員の確保の目標として同項第三号に掲げる計画期間における同条に規定する日本船舶の隻数の増加の割合が記載されたものであつて、当該割合が国土交通省令で定める割合以上のものであること。
４ 前項の認定を受けた船舶運航事業者等（以下「認定事業者」という。）は、当該認定に係る日本船舶・船員確保計画を変更しようとするときは、国土交通省令で定めるところにより、国土交通大臣の認定を受けなければならない。
５ 第三項の規定は、前項の認定について準用する。
６ 船員職業安定法第百五条（第二号及び第四号を除く。）の規定は、第三項の認定（第四項の規定による変更の認定を含む。以下同じ。）を受けようとする者のうち、当該認定を受けることによつて次条の規定により同法第五十五条第一項の許可又は同法第六十条第二項の規定による許可の有効期間の更新を受けたものとみなされることとなる者について準用する。
（船員職業安定法の特例）
第三十六条 船舶運航事業者等がその日本船舶・船員確保計画について前条第三項の認定を受けたときは、当該日本船舶・船員確保計画に基づき実施する船員派遣事業についての船員職業安定法第五十五条第一項の許可若しくは同法第六十条第二項の規定による許可の有効期間の更新を受け、又は同法第六十一条第一項の規定による変更の届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは許可の有効期間の更新を受け、又は変更の届出をしたものとみなす。
（資金の確保等）
第三十七条 国は、認定事業者が第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（以下「認定計画」という。）に従つて日本船舶及び船員の確保を行うために必要な資金の確保その他の措置を講ずるよう努めるものとする。
（課税の特例）
第三十八条 認定事業者（第三十五条第三項第五号に掲げる基準に適合するものとして日本船舶・船員確保計画の認定を受けた者に限る。次条第一項において同じ。）が日本船舶（安定的な海上輸送の確保に資するものとして国土交通省令で定める大きさ以上の船舶に限る。同条において同じ。）を用いて営む対外船舶運航事業等（対外船舶運航事業、対外船舶貸渡業（対外船舶運航事業の用に供する船舶の貸渡し又は対外船舶運航事業に係る運航の委託をする船舶貸渡業をいう。同項において同じ。）その他これらに関連する事業として国土交通省令で定めるものをいう。）に係る所得については、租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）で定めるところにより、課税の特例の適用があるものとする。
（日本船舶の譲渡等の届出）
第三十九条 認定事業者が、対外船舶運航事業又は対外船舶貸渡業の用に供する日本船舶について、譲渡、日本の国籍を有する者及び日本の法令により設立された法人その他の団体以外の者への貸渡し又はこれらに類する行為として国土交通省令で定めるものをしようとするときは、その日の二十日前までに、国土交通省令で定めるところにより、その旨を国土交通大臣に届け出なければならない。ただし、貸渡しをしようとする場合においてその期間が国土交通省令で定める期間未満であるときは、この限りでない。
２ 前項の規定による届出をした者は、当該届出に係る日本船舶が第四十四条の二に規定する国際船舶であるときは、同条の規定による届出をすることを要しない。
（勧告及び認定の取消し）
第三十九条の二 国土交通大臣は、認定事業者が正当な理由がなく認定計画に従つて日本船舶及び船員の確保を行つておらず、又は行わないおそれがあると認めるときは、当該認定事業者に対し、必要な措置を講ずべきことを勧告することができる。
２ 国土交通大臣は、前項の規定による勧告を受けた認定事業者が当該勧告に従い必要な措置を講じなかつたときは、その認定を取り消すことができる。
（関係者の協力）
第三十九条の三 国土交通大臣、船舶運航事業者等及びその組織する団体並びに独立行政法人航海訓練所、独立行政法人海技教育機構その他の船員教育機関は、日本船舶及び船員の確保に関し相互に連携を図りながら協力しなければならない。
（報告及び立入検査）
第三十九条の四 国土交通大臣は、この章の規定の施行に必要な限度において、国土交通省令で定めるところにより、認定事業者に対して、認定計画の実施状況について報告をさせ、又はその職員に、認定事業者の事業場若しくは事務所に立ち入り、認定計画に係る船舶、施設、帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。
２ 第二十五条第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査について準用する。
（船員法の一部改正）
第二条 船員法（昭和二十二年法律第百号）の一部を次のように改正する。
第十八条第一項中「左の」を「次の」に改め、同項に次の一号を加える。
六 海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第二十六条第三項に規定する証明書
第三十二条の見出し中「労働条件」を「労働条件等」に改め、同条に次の一項を加える。
前項の場合において、当該雇入契約に係る航海が海上運送法第二十六条第一項の規定による命令によるものであるときは、船舶所有者は船員に対してその旨を明示しなければならない。
第六十四条の前の見出し中「時間外及び補償休日」を「時間外、補償休日及び休息時間」に改め、同条第一項中「第六十二条第一項」の下に「若しくは第六十五条の三」を、「補償休日」の下に「若しくは休息時間」を加える。
第六十四条の二に次の三項を加える。
国土交通大臣は、労働時間の延長を適正なものとするため、前項の協定で定める労働時間の延長の限度その他の必要な事項について、船員の福祉、時間外労働の動向その他の事情を考慮して基準を定めることができる。
第一項の協定をする船舶所有者及び労働組合又は船員の過半数を代表する者は、当該協定で労働時間の延長を定めるに当たり、当該協定の内容が前項の基準に適合したものとなるようにしなければならない。
国土交通大臣は、第二項の基準に関し、第一項の協定をする船舶所有者及び労働組合又は船員の過半数を代表する者に対し、必要な助言及び指導を行うことができる。
第六十五条の二第一項中「第六十四条の二」を「第六十四条の二第一項」に改め、同条の次に次の一条を加える。
（休息時間）
第六十五条の三 船舶所有者は、休息時間を一日について三回以上に分割して海員に与えてはならない。
船舶所有者は、前項に規定する休息時間を一日について二回に分割して海員に与える場合において、休息時間のうち、いずれか長い方の休息時間を六時間以上としなければならない。
第六十六条の次に次の一条を加える。
（通常配置表）
第六十六条の二 船長は、第十二条から第十四条までに規定する場合その他非常の場合以外の通常の場合における海員の船内作業の時間帯及び作業内容に関し、国土交通省令で定めるところにより、通常配置表を定め、これを船員室その他適当な場所に掲示しておかなければならない。
第六十七条の見出し中「備置き」を「備置き等」に改め、同条第一項中「補償休日」の下に「、休息時間」を加え、「前条」を「第六十六条」に改め、同項の次に次の一項を加える。
船長は、国土交通省令で定めるところにより、海員に対し、前項の帳簿の写しを交付しなければならない。
第八十三条第一項ただし書及び同条第二項を削る。
第八十六条第一項ただし書中「これと異なる時刻の間において午前零時前後にわたり連続して九時間休息させる」を「午前零時から午前五時までの間を含む連続した九時間の休息をさせる」に改める。
第八十八条の二の二第三項中「第六十六条及び第六十七条第一項」を「第六十五条の三、第六十六条並びに第六十七条第一項及び第二項」に改め、「第六十五条の二第一項中」の下に「「第六十条第一項の規定又は第七十二条の二の国土交通省令の規定」とあるのは「第八十八条の二の二第一項の規定」と、」を加え、「第八十八条の二の二第一項」を「同項」に改め、「準用する前項」と」の下に「、同条第三項中「第一項に」とあるのは「第八十八条の二の二第三項において準用する第一項に」と、第六十五条の三第二項中「前項」とあるのは「第八十八条の二の二第三項において準用する前項」と、第六十六条中「第六十条第一項の規定若しくは第七十二条の二の国土交通省令の規定」とあるのは「第八十八条の二の二第一項の規定」と」を加え、「補償休日及び前条」を「補償休日、休息時間及び第六十六条」に改め、「割増手当」とあるのは「」の下に「休息時間及び」を加え、「準用する前条の割増手当」を「準用する第六十六条の割増手当」と、同条第二項中「前項」とあるのは「第八十八条の二の二第三項において準用する前項」に改める。
第八十八条の三第四項中「「前条」を「「第六十六条」に、「準用する前条の割増手当」を「準用する第六十六条の割増手当」と、同条第二項中「前項」とあるのは「第八十八条の三第四項において準用する前項」に改める。
第百十三条中「第六十四条の二」を「第六十四条の二第一項」に改める。
第百二十条の二中「第三章第四節」を「第三章第五節」に改める。
第百二十六条中「一に」を「いずれかに」に改め、同条第一号中「又は第五十五条」を「、第五十五条、第六十六条の二又は第六十七条第二項（第八十八条の二の二第三項及び第八十八条の三第四項において準用する場合を含む。）」に改める。
第百三十一条中「一に」を「いずれかに」に改め、同条第一号中「若しくは第二項」を削り、同条第三号中「第六十七条第二項」を「第六十七条第三項」に改める。
第百三十六条を附則第一条とする。
第百三十七条及び第百三十八条を削る。
第百三十九条を附則第二条とする。
第百四十条から第百四十七条までを削る。
附 則
（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から起算して三月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第二条中船員法第六十四条の二に三項を加える改正規定及び附則第三条第三項の規定は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
（調整規定）
第二条 この法律の施行の日（以下「施行日」という。）が国土交通省設置法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十六号）の施行の日前である場合には、同法の施行の日の前日までの間における第一条の規定による改正後の海上運送法（以下「新海上運送法」という。）第三十五条第三項の規定の適用については、同項中「交通政策審議会」とあるのは、「船員中央労働委員会」とする。
（船員法の一部改正に伴う経過措置）
第三条 この法律の施行の際現に航海中である船舶に乗り組む船員については、第二条の規定による改正後の船員法（以下「新船員法」という。）第六十四条第一項、第六十七条第一項（新船員法第八十八条の二の二第三項及び第八十八条の三第四項において読み替えて準用する場合を含む。）、第八十三条及び第八十六条第一項の規定にかかわらず、当該航海が終了する日まで（専ら国外各港間の航海に従事する船舶にあっては、施行日から起算して三月を経過する日又は施行日以後最初にいずれかの港に入港した日のいずれか遅い日まで）は、なお従前の例による。
２ この法律の施行の際現に航海中である船舶に乗り組む船員については、当該航海が終了する日まで（専ら国外各港間の航海に従事する船舶にあっては、施行日から起算して三月を経過する日又は施行日以後最初にいずれかの港に入港した日のいずれか遅い日まで）は、新船員法第六十五条の三（新船員法第八十八条の二の二第三項において準用する場合を含む。）、第六十六条の二及び第六十七条第二項（新船員法第八十八条の二の二第三項及び第八十八条の三第四項において読み替えて準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
３ 附則第一条ただし書に規定する規定の施行の際現に航海中である船舶に乗り組む船員については、当該航海が終了する日まで（専ら国外各港間の航海に従事する船舶にあっては、同条ただし書に規定する規定の施行の日から起算して三月を経過する日又は同条ただし書に規定する規定の施行の日以後最初にいずれかの港に入港した日のいずれか遅い日まで）は、新船員法第六十四条の二第二項から第四項までの規定は、適用しない。
（罰則に関する経過措置）
第四条 この法律の施行前にした行為及び前条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（検討）
第五条 政府は、この法律の施行後適当な時期において、新海上運送法及び新船員法の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
（船員職業安定法の一部改正）
第六条 船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）の一部を次のように改正する。
第八十九条第四項中「第六十四条の二」を「第六十四条の二第一項」に、「第六十七条第二項」を「第六十五条の三（同法第八十八条の二の二第三項において読み替えて準用する場合を含む。）、第六十七条第三項」に、「同条及び」を「同項及び」に改め、同条第八項中「第六十四条の二」を「第六十四条の二第一項」に改める。
第九十二条第一項中「とあり、同条第二項中「使用してはならない」」を削る。
（地方税法の一部改正）
第七条 地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）の一部を次のように改正する。
第七十二条の十八ただし書中「及び第六十八条の四十三（同条第一項及び第八項に規定する特定株式等で政令で定めるものに係る部分を除く。）」を「、第五十九条の二、第六十八条の四十三（同条第一項及び第八項に規定する特定株式等で政令で定めるものに係る部分を除く。）及び第六十八条の六十二の二」に改める。
（租税特別措置法の一部改正）
第八条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
目次中
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第三節 鉱業所得の課税の特例（第五十八条・第五十九条） |
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第三節の二 沖縄の認定法人の課税の特例（第六十条） |
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を
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第三節 鉱業所得の課税の特例（第五十八条・第五十九条） |
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第三節の二 対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例（第五十九条の二） |
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第三節の三 沖縄の認定法人の課税の特例（第六十条） |
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に、「第十三節 連結法人の鉱業所得の課税の特例（第六十八条の六十一・第六十八条の六十二）」を
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第十三節 連結法人の鉱業所得の課税の特例（第六十八条の六十一・第六十八条の六十二） |
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第十三節の二 対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例（第六十八条の六十二の二） |
」 |
に改める。
第三章第三節の二を同章第三節の三とし、同章第三節の次に次の一節を加える。
第三節の二 対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例
第五十九条の二 青色申告書を提出する法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から平成二十二年三月三十一日までの間に海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。第五項において「計画の認定」という。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十八条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、当該認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同法第三十五条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第三項及び第五項において同じ。）内の日を含む各事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、当該超える部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、当該満たない部分の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入する。
一 当該法人の当該事業年度における日本船舶を用いた対外船舶運航事業等（海上運送法第三十八条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る所得の金額として政令で定める金額
二 当該法人の当該事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２ 前項の規定は、同項に規定する法人が、その適用を受けようとする最初の事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書に同項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類を添付して、これを納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３ 前項の規定は、同項に規定する法人が、第一項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む連結事業年度において第六十八条の六十二の二第一項の規定の適用を受けている場合には、適用しない。
４ 第一項の規定の適用を受ける法人は、その適用を受ける各事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
５ 認定計画に記載された計画期間内の日を含む各事業年度（当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該計画期間内の日を含む各連結事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた法人（当該適用対象年度において第六十八条の六十二の二第一項の規定の適用を受けた連結法人（当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限る。）に該当するものを含む。）が、海上運送法第三十九条の二第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額（当該適用対象年度が連結事業年度に該当する場合には、当該認定計画につき第六十八条の六十二の二第一項の規定により損金の額に算入された金額）の合計額は、当該認定を取り消された日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
６ 第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第六十七条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第三項及び第五項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれないものとする。
７ 第二項から第四項まで及び前項に定めるもののほか、第一項又は第五項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三章第十三節の次に次の一節を加える。
第十三節の二 対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例
第六十八条の六十二の二 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から平成二十二年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。第五項において「計画の認定」という。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十八条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、当該認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同法第三十五条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第三項及び第五項において同じ。）内の日を含む各連結事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、当該超える部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、当該満たない部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する。
一 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度における日本船舶を用いた対外船舶運航事業等（海上運送法第三十八条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る連結所得の金額として政令で定める金額
二 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２ 前項の規定は、同項に規定する連結親法人が、その適用を受けようとする最初の連結事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書（次項において「届出書」という。）に前項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類（次項において「書類等」という。）を添付して、これを当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３ 前項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人が、第一項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む事業年度において第五十九条の二第一項の規定の適用を受けている場合には、その適用を受けている連結親法人又はその連結子法人に係る届出書及び書類等の提出については、適用しない。
４ 第一項の規定の適用を受ける連結親法人は、その適用を受ける各連結事業年度の連結確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
５ 認定計画に記載された計画期間内の日を含む各連結事業年度（当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該計画期間内の日を含む各事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限り、当該適用対象年度において第五十九条の二第一項の規定の適用を受けたものを含む。）が、海上運送法第三十九条の二第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額（当該適用対象年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該認定計画につき第五十九条の二第一項の規定により損金の額に算入された金額）の合計額は、当該認定を取り消された日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
６ 第一項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第八十一条の十三第二項及び第四項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第二項及び第四項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれないものとする。
７ 第二項から第四項まで及び前項に定めるもののほか、第一項又は第五項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額がある場合における連結利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第八十二条の二第一項中「（昭和二十四年法律第百八十七号）」を削る。
（登録免許税法の一部改正）
第九条 登録免許税法（昭和四十二年法律第三十五号）の一部を次のように改正する。
別表第一第百三十七号中
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「 |
百三十七 船員派遣事業の許可 |
」 |
を
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「 |
百三十七 船員派遣事業の許可 |
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（注）海上運送法第三十六条（船員職業安定法の特例）の規定により船員派遣事業の許可を受けたものとみなされる場合における同法第三十五条第三項（日本船舶・船員確保計画）（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による日本船舶・船員確保計画の認定は、当該許可とみなす。 |
」 |
に改める。
（船員の雇用の促進に関する特別措置法の一部改正）
第十条 船員の雇用の促進に関する特別措置法（昭和五十二年法律第九十六号）の一部を次のように改正する。
第十四条第一項中「、第百二十一条の二並びに第百四十七条」を「並びに第百二十一条の二」に改め、「とあり、及び同条第二項中「使用してはならない」」及び「、同項中「前項但書の場合」とあるのは「前項ただし書の場合（当該船員労務供給が第一条第一項に規定する船舶に係るものである場合を除く。）」と」を削る。
（国土交通省設置法の一部改正）
第十一条 国土交通省設置法（平成十一年法律第百号）の一部を次のように改正する。
第十四条第一項第三号中「（昭和四十五年法律第七十一号）」の下に「、海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）」を加える。
第十五条第一項中「（昭和二十四年法律第百八十七号）」を削る。
（国土交通省設置法の一部改正に伴う調整規定）
第十二条 施行日が国土交通省設置法等の一部を改正する法律の施行の日前である場合には、同法の施行の日の前日までの間における国土交通省設置法第四十三条第四号の規定の適用については、同号中「及び船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）」とあるのは、「、船員職業安定法（昭和二十三年法律第百三十号）及び海上運送法」とする。
（総務・財務・国土交通・内閣総理大臣署名）