第四十六条の三第一項第二号及び第三号中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第四十七条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「に当該各号に定める割合を乗じて計算した」を「の百分の四十（当該優良賃貸住宅のうちその新築の時において同法の規定により定められている耐用年数が三十五年以上であるものについては、百分の五十五）に相当する」に改め、同項各号を次のように改める。

　　一　特定優良賃貸住宅の供給の促進に関する法律第六条に規定する特定優良賃貸住宅のうち特にその建設の促進を図る必要があるものとして政令で定めるもの

　　二　大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する区域内に建築される賃貸住宅のうち次に掲げるもの

　　　イ　大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第百一条の八に規定する認定計画に基づき建築される建築物に係る賃貸住宅で政令で定めるもの

　　　ロ　次に掲げる建築物（政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る賃貸住宅で優良な共同住宅に該当するものとして政令で定めるもの

　　　　�@　都市計画法第四条第一項に規定する都市計画（第三項において「都市計画」という。）に定められた同法第八条第一項第三号の高度利用地区その他の政令で定める区域内に建築される建築物で政令で定めるもの

　　　　�A　建築基準法第五十九条の二第一項の規定による許可を受けて建築される建築物で政令で定めるもの

　　第四十七条第二項中「百分の十五」を「百分の十二」に、「百分の十八」を「百分の十四」に改め、同条第三項中「次に掲げる建築物」を「第一号から第五号までに掲げる建築物」に、「同時に」を「併せて」に改め、「含む。）」の下に「並びに第六号に掲げる構築物（当該構築物と併せて設置される機械及び装置で大蔵省令で定めるものを含む。）」を加え、同項に次の一号を加える。

　　六　首都圏整備法第二条第三項に規定する既成市街地及び同条第四項に規定する近郊整備地帯、近畿圏整備法第二条第三項に規定する既成都市区域及び同条第四項に規定する近郊整備区域、中部圏開発整備法第二条第三項に規定する都市整備区域その他これらに類する区域として政令で定める区域内に建築し、又は設置される雨水の有効利用又は地下への浸透を図るための雨水を貯留する構築物（政令で定める規模のものに限る。）

　　第四十八条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「百分の二十」を「百分の十八」に改める。

　　第四十九条第二項中「百分の十四」を「百分の十三」に改める。

　　第五十二条第一項に次の一号を加える。

　　十　食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第六条第一項に規定する試験研究計画に係る同項の認定を受けた同法第四条第一項に規定する法人　同法第十一条第一項に規定する負担金

　　第五十二条の二第一項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に改め、同条第二項中「、第四十二条の九第一項」を「、第四十二条の十一第一項」に、「第四十二条の九第一項後段」を「同項後段」に、「（第四十二条の九第一項」を「（同項」に、「又は第四十六条」を「、第四十六条、第四十六条の二第一項又は第四十六条の三」に改め、同条第三項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に改める。

　　第五十二条の三第一項中「、第四十二条の九第一項」を「、第四十二条の十一第一項」に、「第四十二条の九第一項後段」を「同項後段」に改め、同条第三項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又は第四十六条」を「、第四十六条、第四十六条の二第一項又は第四十六条の三」に改める。

　　第五十五条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「（同表の第三号又は第四号の上欄に掲げる法人の特定株式等については、政令で定める要件を満たす出資又は資金の貸付けに関する計画に基づく取得に限る。）」を削り、「第六号まで」を「第四号まで」に、「次項第十二号ハ」を「次項第十号ハ」に、「、第三号又は第五号」を「又は第三号」に、「、第四号又は第六号」を「又は第四号」に改め、同項の表の第一号中「、第五号又は第七号から第十号まで」を「又は第五号から第八号まで」に、「百分の十二」を「百分の十」に改め、同表の第二号中「、第八号又は第十号」を「又は第八号」に、「百分の十二」を「百分の十」に改め、同表の第三号及び第四号を削り、同表の第五号中「第七号から第十号まで」を「第五号から第八号まで」に、「百分の十六」を「百分の十四」に改め、同号を同表の第三号とし、同表の第六号中「第八号又は第十号」を「第六号又は第八号」に、「百分の十六」を「百分の十四」に改め、同号を同表の第四号とし、同表の第七号中「第九号」を「第七号」に、「百分の四十」を「百分の三十」に改め、同号を同表の第五号とし、同表の第八号中「第十号」を「第八号」に、「百分の四十」を「百分の三十」に改め、同号を同表の第六号とし、同表中第九号を第七号とし、第十号を第八号とし、同条第二項中第三号及び第四号を削り、第五号を第三号とし、第六号を第四号とし、第七号を第五号とし、同項第八号中「に対する出資若しくは」を「に係る投融資等（法人に対する出資又は」に、「当該資源開発事業法人」を「当該法人」に、「事業を含む」を「事業を含む。）をいう」に、「「投融資等」という。）又は当該投融資等及び」を「同じ。）、当該投融資等及び付随事業法人に対する出資等（当該資源開発事業法人の行う資源の探鉱、開発又は採取の事業に付随して行われる事業を営む法人に対する出資又は長期の資金の貸付けの事業をいう。以下この号において同じ。）又は当該投融資等（付随事業法人に対する出資等を含む。）及び」に改め、同号を同項第六号とし、同項第九号中「第七号」を「第五号」に改め、同号を同項第七号とし、同項第十号中「第八号」を「第六号」に、「に対する」を「に係る」に改め、同号を同項第八号とし、同項第十一号中「第八号」を「第六号」に、「第七号」を「第五号」に、「に対する」を「に係る」に改め、同号を同項第九号とし、同項第十二号を同項第十号とし、同項第十三号中「第十五号」を「第十三号」に改め、同号を同項第十一号とし、同項第十四号中「第七号」を「第五号」に、「第八号」を「第六号」に改め、同号を同項第十二号とし、同項第十五号中「第七号」を「第五号」に改め、同号を同項第十三号とし、同項第十六号イ中「、第三号又は第五号」を「又は第三号」に改め、同号ロ中「、第四号又は第六号」を「又は第四号」に改め、同号を同項第十四号とし、同条第四項中「又は第九号」を「又は第八号」に改め、同項第二号中「第二項第十六号イ」を「第二項第十四号イ」に、「、第三号若しくは第五号」を「若しくは第三号」に、「、第四号若しくは第六号」を「若しくは第四号」に改め、同項第三号中「（第一項の表の第三号又は第四号の上欄に掲げる法人になつた場合を除く。）」を削り、「第七号又は第八号」を「第五号又は第六号」に、「から第四号まで」を「又は第二号」に、「百分の七十」を「三十分の二十」に、「第九号又は第十号」を「第七号又は第八号」に、「百分の八十八」を「百分の九十」に、「第五号又は第六号」を「第三号又は第四号」に、「百分の六十」を「三十分の十六」に、「百分の八十四」を「百分の八十六」に改め、同項中第七号を削り、第八号を第七号とし、第九号を第八号とする。

　　第五十五条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第五十五条の三第一項中「地区」の下に「又は同法第二十三条の二第一項の規定により特別自由貿易地域として指定された地区」を加える。

　　第五十五条の四第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「百分の十八」を「百分の十六」に改める。

　　第五十五条の五第一項並びに第五十五条の六第一項及び第八項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第五十五条の七第一項の表の第二号の中欄中「以下この条」を「次条第一項に規定する維持管理積立金の積立てがされるべき同項に規定する特定廃棄物最終処分場に該当するものを除く。以下この条」に改め、同条の次に次の一条を加える。

　第五十五条の八　青色申告書を提出する法人で廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条第一項又は同法第十五条第一項の許可を受けたものが、平成十年六月十七日から平成十二年三月三十一日までの期間内の日を含む各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、同法第八条の五第一項に規定する特定一般廃棄物最終処分場又は同法第十五条の二の三において準用する同項に規定する特定産業廃棄物最終処分場（以下この条において「特定廃棄物最終処分場」という。）の埋立処分の終了後における維持管理に要する費用の支出に備えるため、当該特定廃棄物最終処分場ごとに、当該特定廃棄物最終処分場につき当該事業年度において同法第八条の五第一項及び第二項（これらの規定を同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により環境事業団に維持管理積立金として積み立てた金額（当該事業年度において同法第九条の五第一項（同法第十五条の四において準用する場合を含む。）の規定による地位の承継があつたときは、当該地位の承継につき同法第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により積み立てたものとみなされた金額を含む。以下この条において「維持管理積立金」という。）に相当する金額以下の金額を損金経理の方法（確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により特定災害防止準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該積立てをした事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　２　前項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が維持管理積立金の積立てをしている特定廃棄物最終処分場について廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）に規定する維持管理を行う場合において、同項の規定により当該特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の取戻しをしたときは、その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額（その日までにこの項又は次項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額は、その取戻しをした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

　３　第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

　　一　前項の取戻しをした場合以外の場合において廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の全部又は一部の取戻しをした場合　その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額

　　二　廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金を有しないこととなつた場合（次号に該当する場合を除く。）　その有しないこととなつた日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額

　　三　解散した場合　当該解散の日における特定災害防止準備金の金額（合併により解散した場合において合併法人に引き継がれたものを除く。）

　　四　前項、前三号及び次項の場合以外の場合において特定災害防止準備金の金額を取り崩した場合　その取り崩した日における当該特定災害防止準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額

　４　第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）における特定災害防止準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、当該特定災害防止準備金の金額については、前二項及び第六項の規定は、適用しない。

　５　第五十五条の四第五項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。

　６　第五十五条第九項及び第十項の規定は、第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が合併した場合について準用する。

　　第五十六条第一項及び第五十六条の二第二項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第五十七条第一項の表の第三号中「に相当する金額（当該計算した金額が政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額の百分の十に相当する金額と当該超える部分の金額の百分の四に相当する金額との合計額）」を「（当該計算した金額が政令で定める金額を超える場合には、当該超える部分の金額については、百分の五）に相当する金額（当該金額が政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額）」に改める。

　　第五十七条の七の見出しを「（関西国際空港整備準備金又は中部国際空港整備準備金）」に改め、同条第三項中「第五項」を「第八項」に改め、同条第九項中「第四項」の下に「又は第七項」を加え、同項を同条第十二項とし、同条第八項中「関西国際空港整備準備金」の下に「又は第五項の中部国際空港整備準備金」を、「又は関西国際空港」の下に「若しくは中部国際空港」を、「第五十七条の七第三項」の下に「又は第五項」を加え、同項を同条第十一項とし、同条第七項中「第一項」の下に「又は第五項」を加え、同項を同条第十項とし、同条第六項中「会社が、第一項の関西国際空港整備準備金」を「会社又は指定会社が、第一項の関西国際空港整備準備金又は第五項の中部国際空港整備準備金」に改め、「関西国際空港整備準備金の金額」の下に「又は中部国際空港整備準備金の金額」を、「ところにより、」の下に「会社又は指定会社の」を加え、「前二項、第八項及び第九項」を「第四項、前二項、第十一項及び第十二項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第五項中「会社が、第一項の関西国際空港整備準備金」を「会社又は指定会社が、第一項の関西国際空港整備準備金又は第五項の中部国際空港整備準備金」に、「掲げる金額」を「定める金額」に改め、「金額は、」の下に「会社又は指定会社の」を加え、「関西国際空港の」を「関西国際空港又は中部国際空港の」に改め、「関西国際空港整備準備金の金額」の下に「又は中部国際空港整備準備金の金額」を加え、「前項」を「第四項、前項」に改め、同項を同条第八項とし、同条第四項の次に次の三項を加える。

　５　中部国際空港の設置及び管理に関する法律（平成十年法律第三十六号）第四条第二項に規定する指定会社（以下この条において「指定会社」という。）が、適用事業年度において、中部国際空港の整備に要する費用の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか低い金額（当該金額が当該事業年度の所得の金額として政令で定める金額の三分の二に相当する金額を超えるときは、当該三分の二に相当する金額）以下の金額を損金経理の方法（確定した決算において利益の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により中部国際空港整備準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　　一　指定会社が中部国際空港の用に供するために造成した土地（次項において「中部国際空港用地」という。）の取得価額として政令で定める金額（次号において「累積限度基準額」という。）の十分の一に相当する金額

　　二　累積限度基準額から、当該事業年度終了の日における前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額（その日までに第八項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額又は前事業年度終了の日までに第七項の規定により益金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した後の金額。以下この条において同じ。）を控除した金額

　６　前項に規定する適用事業年度とは、中部国際空港をその事業の用に供した日を含む事業年度から中部国際空港用地の造成工事の費用に充てるために要した借入金その他の債務の返済の完了が予定されている日として政令で定める日を含む事業年度までの各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除くものとし、青色申告書を提出する事業年度に限る。）をいう。

　７　第五項の中部国際空港整備準備金を積み立てている指定会社の前項に規定する適用事業年度の最後の事業年度後の各事業年度終了の日において、前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額がある場合には、当該中部国際空港整備準備金の金額については、当該中部国際空港整備準備金として積み立てた金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額（当該計算した金額が当該前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額を超える場合には、当該繰り越された金額）に相当する金額を、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

　　第五十八条第一項中「百分の七」を「百分の六」に改める。

　　第五十八条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改め、同項第一号中「百分の十三」を「百分の十二」に改め、同条第二項中「平成十年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める。

　　「第四節　協同組合の課税の特例」を「第三節の三　特別自由貿易地域における課税の特例」に改める。

　　第五十九条及び第六十条を次のように改める。

　　（特別自由貿易地域における認定法人の所得の特別控除）

　第五十九条　青色申告書を提出する内国法人で沖縄振興開発特別措置法第二十三条の二第一項の規定により同項に規定する特別自由貿易地域として指定をされた地区（以下この条において「特別自由貿易地域」という。）内に本店又は主たる事務所を有するもの（当該指定の日以後に設立されたものに限る。）のうち各事業年度（当該内国法人の設立の日（合併により設立された内国法人にあつては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日）以後十年を経過する日までの間に終了する事業年度に限る。）終了の日において認定法人（当該特別自由貿易地域内において同法第二十四条の二第一項の規定による認定を当該指定の日から五年以内に受けたものをいう。）に該当するものが、当該各事業年度（第四十二条の九の規定又は第四十五条若しくは同条の規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受ける事業年度を除く。）において、当該特別自由貿易地域内において行われる同法第二十四条の二第一項に規定する事業に係る所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の三十五に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　２　前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。

　３　税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。

　４　第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第二条第十八号の規定の適用については同号イ�@に規定する所得の金額に、同法第六十七条第二項及び第三項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する所得等の金額にそれぞれ含まれるものとする。

　第六十条　削除

　　第六十一条の前に次の節名を付する。

　　　　　第四節　協同組合の課税の特例

　　第六十一条の三第四項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。

　　第六十一条の四第一項第一号イ及び第二号イ中「百分の十」を「百分の二十」に改める。

　　第六十二条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」を削り、同条第六項第二号中「第四十二条の九まで」を「第四十二条の十一まで」に、「及び第四十二条の九第二項」を「、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項及び第四十二条の十一第二項」に改める。

　　第三章第五節の二の節名を削り、第六十二条の二を次のように改める。

　第六十二条の二　削除

　　第六十二条の三第一項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」及び「又は第六十三条の二第一項」を削り、同条第八項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」を削り、同条第十一項第二号中「第四十二条の九まで」を「第四十二条の十一まで」に、「及び第四十二条の九第二項」を「、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項及び第四十二条の十一第二項」に改め、同条に次の一項を加える。

　13　第一項の規定は、法人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした土地の譲渡等については、適用しない。

　　第六十三条第一項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、次条第一項」及び「（次条第一項の規定の適用があるものを除く。）」を削り、同条第二項第一号中「。次条第二項第一号において同じ」を削り、同条第三項第九号を同項第十号とし、同項第八号の次に次の一号を加える。

　　九　不動産特定共同事業法（平成六年法律第七十七号）第二条第五項に規定する不動産特定共同事業者である法人の行う土地等の譲渡（同条第三項に規定する不動産特定共同事業契約に係る事業参加者から取得した土地等の譲渡で政令で定めるものに限る。）

　　第六十三条に次の一項を加える。

　７　第一項の規定は、法人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした短期所有に係る土地の譲渡等については、適用しない。

　　第六十三条の二を削る。

　　第三章第五節の三を同章第五節の二とする。

　　第六十四条第六項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。

　　第六十五条第一項中「保留地の対価（」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項、」を加える。

　　第六十五条の四第一項第一号中「第九号」を「第十号」に改め、同項第三号中「平成九年十二月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に改め、同項第二十三号を同項第二十四号とし、同項第二十号から第二十二号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十九号中「土地等につき」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項に規定する土地区画整理事業、」を、「土地等のうち」の下に「同項、」を加え、同号を同項第二十号とし、同項第十一号から第十八号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十号中ハをニとし、ロの次に次のように加える。

　　　ハ　中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づく同法第四条第五項に規定する中小小売商業高度化事業（同項第一号から第四号まで又は第七号に掲げるものに限る。）

　　第六十五条の四第一項第十号を同項第十一号とし、同項第九号を同項第十号とし、同項第八号の次に次の一号を加える。

　　九　地方公共団体又は中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十条第一項に規定する中心市街地整備推進機構が同法第七条第一項に規定する特定中心市街地（以下この号において「特定中心市街地」という。）の整備のために同法第六条第一項に規定する基本計画の内容に即して行う公共施設若しくは公用施設の整備、宅地の造成又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業で政令で定めるものの用に供するために、特定中心市街地の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第六十四条第一項第二号若しくは第三号の五、第六十五条第一項第一号若しくは前条第一項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号、第四号若しくは前二号に掲げる場合に該当する場合を除く。）

　　第六十五条の四第二項中「第十三号」を「第十四号」に、「第十六号から第十八号まで」を「第十七号から第十九号まで」に改める。

　　第六十五条の五第一項第一号及び第二号中「前条第一項第二十三号」を「前条第一項第二十四号」に改め、同項第三号中「第二十三号」を「第二十四号」に改める。

　　第六十五条の七第一項の表以外の部分中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削り、「同表の第一号の場合（同号の上欄に掲げる資産のうち大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものの譲渡をした場合を除く。）の同表の第一号の下欄に掲げる資産のうち近郊整備地帯等（同号の上欄のイからハまでに掲げる区域の近郊の区域として政令で定める区域をいう。次条第一項において同じ。）内にあるもの又は同表の第二十一号若しくは第二十二号の場合のこれらの号」を「同表の第二十一号の場合の同号」に改め、同項の表の第一号中「含むものとし、貸付けの用に供されているものを除く」を「含む。以下この表において同じ」に、「建物（その附属設備を含む。以下この表において同じ。）」を「建物」に改め、同表の第二十号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間（その取得がされた日（合併による取得にあつては、政令で定める日）の翌日からこれらの資産の譲渡がされた日の属する年の一月一日までの所有期間とする。次号において同じ。）が十年を超えるもの」に改め、同表の第二十一号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間が十年を超えるもの」に改め、同表の第二十二号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併又は承継による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間（その取得がされた日（合併又は特別の法律に基づく承継による取得にあつては、政令で定める日）の翌日からこれらの資産の譲渡がされた日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が十年を超えるもの」に、「既成市街地等以外の地域内にある建物」を「国内にある土地等、建物」に改め、同条第七項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。

　　第六十五条の八第一項中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削り、「同表の第一号の場合（同号の上欄に掲げる資産のうち大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものの譲渡をした場合を除く。）の同表の第一号の下欄に掲げる資産のうち近郊整備地帯等内にあるもの又は同表の第二十一号若しくは第二十二号の場合のこれらの号」を「同表の第二十一号の場合の同号」に改める。

　　第六十五条の九中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削る。

　　第六十六条の五第八項を削り、同条第九項中「第一項」の下に「（前項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）」を加え、「同項に」を「第一項に」に改め、同項を同条第八項とする。

　　第六十六条の六第一項中「株式等に」を「株式等（当該株式を発行する株式会社に対しその利益の配当、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利のない株式又は実質的に当該権利がないと認められる株式（以下この項及び次項において「請求権のない株式」という。）に係るものを除く。）に」に改め、同項第一号中「株式等の」を「株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の」に、「発行済株式の」を「発行済株式（請求権のない株式を除く。）の」に、「以下この条」を「次号」に改め、同項第二号中「間接保有の株式等」の下に「（請求権のない株式に係るものを除く。）」を加え、同条第二項中「前項」の下に「及びこの項」を加え、同項第一号を次のように改める。

　　一　外国関係会社　外国法人で、その発行済株式の総数又は出資金額のうちに第二条第一項第一号の二に規定する居住者（当該居住者と法人税法第二条第十号に規定する政令で定める特殊の関係のある同項第一号の二に規定する非居住者を含む。以下この号において「居住者」という。）及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等の総数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のイからハまでに掲げる株式会社である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか多い割合）が百分の五十を超えるものをいう。

　　　イ　議決権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。）　その発行済株式（議決権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（議決権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合

　　　ロ　請求権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。）　その発行済株式（請求権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合

　　　ハ　議決権のない株式及び請求権のない株式を発行している株式会社　イ又はロに定める割合のいずれか多い割合

　　第六十六条の十第一項に次の一号を加える。

　　十　食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第四条第一項に規定する法人　同法第六条第一項の認定に係る同項に規定する試験研究計画において定められている同法第四条第一項に規定する高度化基準の作成のために必要な試験研究の用に直接供する固定資産

　　第六十六条の十三第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条第二項第二号中「特定通信・放送開発事業実施円滑化法」の下に「（平成二年法律第三十五号）」を加え、同項第三号中「特定新規事業実施円滑化臨時措置法」の下に「（平成元年法律第五十九号）」を加える。

　　第六十六条の十四中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第六十七条の四第六項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。

　　第六十七条の十第一項中「外国為替及び外国貿易管理法第二十二条第二項」を「外国為替及び外国貿易法第二十一条第三項」に、「外国為替及び外国貿易管理法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第七十号）の施行の日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日まで」に、「外国為替及び外国貿易管理法第十一条」を「同項」に、「外国為替公認銀行」を「金融機関」に、「同法第二十二条第二項」を「同項」に改め、同条第二項中「外国為替及び外国貿易管理法第二十二条第四項」を「外国為替及び外国貿易法第二十一条第四項」に改め、同条を第六十七条の十三とし、第六十七条の九の次に次の三条を加える。

　　（銀行持株会社の創設等に係る課税の特例）

　第六十七条の十　銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第二条第一項に規定する金融機関（以下この条において「金融機関」という。）と同法第二条第二項に規定する銀行持株会社（当該金融機関が同法第十二条第一項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定により設立したものに限る。）の同法第三条第一項に規定する子会社である他の金融機関とが当該他の金融機関が合併法人となる合併を行つた場合において、当該他の金融機関が、同法第七条第一項の規定により当該金融機関の株主による当該銀行持株会社に対する現物出資の給付があつたものとみなされる当該銀行持株会社に対する同項に規定する合併新株券の交付（当該交付に係る現物出資による当該銀行持株会社の当該合併新株券の受入価額が政令で定める金額以下となつているものに限る。）をしたときは、その合併の時に当該金融機関の株主であつた法人のその交付があつた時における当該合併新株券の帳簿価額を、その交付に係る現物出資の給付があつた時の当該合併新株券の価額であるとみなして、当該法人の各事業年度の所得の金額を計算するものとする。

　第六十七条の十一　前条の合併が行われた場合において、当該合併に係る被合併法人の当該合併の日を含む事業年度以前の各事業年度（当該合併に係る合併法人の当該合併の日を含む事業年度開始の日前五年以内に開始した事業年度に限る。）において生じた法人税法第二条第二十号に規定する欠損金額で政令で定めるものがあるときは、当該欠損金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該合併法人の当該合併の日を含む事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　２　前項の規定は、同項の合併法人が、同項の合併の日を含む事業年度の確定申告書（法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書をいう。以下この項において同じ。）に前項に規定する欠損金額についての明細書を添付するとともに、当該合併の日を含む事業年度において青色申告書である確定申告書を提出している場合（当該合併法人の同項の規定の適用を受ける事業年度が当該合併の日を含む事業年度後の事業年度である場合には、更に当該事業年度まで連続して確定申告書を提出している場合）に限り、適用する。

　３　第一項の合併法人が法人税法第七十二条第一項の規定の適用を受ける場合における前項の規定の適用については、同項中「同じ。）」とあるのは「同じ。）（当該事業年度につき中間申告書（同条第三十号に規定する中間申告書で同法第七十二条第一項各号に掲げる事項を記載したものをいう。以下この項において同じ。）を提出する場合にあつては、当該中間申告書）」と、「青色申告書である確定申告書」とあるのは「青色申告書である確定申告書（当該事業年度につき中間申告書を提出する場合にあつては、青色申告書である中間申告書）」と、「当該事業年度まで連続して」とあるのは「当該事業年度の直前の事業年度まで連続して」とする。

　第六十七条の十二　第六十七条の十の合併が行われた場合において、当該合併に係る合併法人が、当該合併の日以後一年以内に同条の銀行持株会社に対して子会社株式等（当該合併法人がその発行済株式又は出資の金額の全部を所有している法人の株式又は出資であつて、当該合併前に当該合併に係る被合併法人が所有していたものをいう。以下この項において同じ。）の譲渡（当該子会社株式等のその譲渡の時における価額が当該合併法人の帳簿価額を超え、かつ、当該銀行持株会社がその譲渡を受けた子会社株式等の帳簿価額を当該合併法人の譲渡直前の帳簿価額に相当する金額とする場合における譲渡に限る。）をしたときは、その譲渡による利益の額に相当する金額（次項において「子会社株式等の譲渡利益相当額」という。）は、当該合併法人のその譲渡をした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

　２　前項の規定は、確定申告書等に子会社株式等の譲渡利益相当額の損金算入に関する申告の記載がない場合には、適用しない。

　３　税務署長は、前項の記載がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。

　４　第一項の規定の適用を受けた同項の合併法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第二条第十八号の規定の適用については同号イ�@に規定する所得の金額に、同法第六十七条第二項及び第三項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する所得等の金額にそれぞれ含まれるものとする。

　　第六十八条の二第一項中「平成十一年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改め、同条第二項中「平成十一年四月一日」を「平成十年四月一日」に改める。

　　第六十八条の五第一項中「及び次号イ」を「、次号イ及び第三号イ」に、「厚生年金基金水準相当共済給付（厚生年金保険法第百三十二条第三項に規定する相当する水準の給付の額から同条第二項に規定する額を控除した額の給付に準じた給付をいう。以下この号において同じ。）」を「厚生年金基金水準相当給付」に、「当該厚生年金基金水準相当共済給付」を「当該厚生年金基金水準相当給付」に改める。

　　第七十条の三第一項中「平成九年十二月三十一日」を「平成十一年十二月三十一日」に改める。

　　第七十一条を次のように改める。

　　（地価税の課税の停止）

　第七十一条　平成十年以後の各年の課税時期（地価税法第二条第四号に規定する課税時期をいう。以下この章において同じ。）において、個人又は法人（同条第七号に規定する人格のない社団等を含む。）が有する土地等（同条第一号に規定する土地等をいう。以下この章において同じ。）については、同法の規定にかかわらず、当分の間、地価税を課さない。

　　第七十六条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同項の表の第一号中「千分の二十」を「千分の二十五」に改め、同条第二項及び第三項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第七十七条の二、第七十七条の四、第七十八条の三並びに第七十九条第一項及び第三項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第八十条を削る。

　　第八十一条中「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）、」を「平成十二年三月三十一日までの間にされたものに限る。）、」に、「平成十年三月三十一日までの間に同項」を「平成十二年三月三十一日までの間に同項」に、「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）若しくは」を「平成十一年六月三十日までの間にされたものに限る。）若しくは」に、「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）に」を「平成十二年三月三十一日までの間にされたものに限る。）に」に改め、同条に次の一項を加える。

　２　造船業基盤整備事業協会が造船業基盤整備事業協会法（昭和五十三年法律第百三号）第三十条第一項の規定による認可に係る同項に規定する業務実施計画に基づき同法第二十九条第一項第一号の規定により買収した土地又は建物の所有権の移転の登記については、その登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十六とする。

　　第八十一条を第八十条とし、同条の次に次の一条を加える。

　　（銀行持株会社の創設のための合併等に係る登記の税率の軽減）

　第八十一条　銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第三条第一項の規定による条件が定められた合併（以下この条において「特定合併」という。）に係る同項に規定する存続金融機関（次項において「存続金融機関」という。）が、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、当該特定合併により不動産に関する権利を取得した場合には、当該不動産に関する権利の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる登記の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。

　　一　所有権の移転の登記　千分の三

　　二　地上権又は賃借権の移転の登記　千分の一・五

　　三　質権又は抵当権の移転の登記　千分の〇・五

　２　銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第二条第二項に規定する銀行持株会社が特定合併により同法第三条第一項に規定する消滅金融機関の株主に交付される存続金融機関の株式を当該株主から同項の規定により定められた条件に従い現物出資の目的として給付を受けた場合における資本の増加の登記（当該現物出資に係る資本の増加に対応する部分に限る。）については、その登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三・五とする。

　　第八十一条の二中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第八十二条第一項中「次の各号に」を「次に」に改め、「資本の金額又は」を削り、同条に次の一項を加える。

　３　中部国際空港の設置及び管理に関する法律第四条第二項に規定する指定会社が、同法の施行の日の翌日から平成十七年三月三十一日までの間に次に掲げる事項について大蔵省令で定めるところにより登記を受ける場合には、その登記については、登録免許税を課さない。ただし、第一号に掲げる事項の登記に係る登録免許税にあつては、増加資本の金額のうち政府の出資に係る部分以外の部分については、この限りでない。

　　一　株式会社の資本の増加

　　二　滑走路、着陸帯、誘導路及びエプロンの用に供する土地（これに隣接する土地でこれらの施設と一体となつてその機能を補完するものを含む。）並びに中部国際空港の設置及び管理に関する法律第六条第一項第二号に規定する航空保安施設の用に供する土地であることにつき運輸大臣が証明したものの所有権の保存

　　第八十三条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第八十三条の四第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条を第八十三条の五とし、同条の次に次の一条を加える。

　　（認定特定事業計画等に基づき施設等を取得した場合の所有権の移転登記の税率の軽減）

　第八十三条の六　中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律（以下この条において「中心市街地整備改善活性化法」という。）の施行の日から平成十二年三月三十一日までの間に、次の各号に掲げる者が当該各号に定める施設又は店舗を取得した場合には、当該施設又は店舗に係る土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二十五とする。

　　一　中心市街地整備改善活性化法第十七条第一項に規定する認定特定事業者のうち国、地方公共団体又は日本開発銀行その他政令で定める法人の出資に係る法人で政令で定めるもの　同条第二項に規定する認定特定事業計画に基づき取得する中心市街地整備改善活性化法第四条第四項第一号に規定する特定商業施設等整備事業により整備される同号の施設で政令で定めるもの

　　二　中心市街地整備改善活性化法第十七条第一項に規定する認定特定事業者のうち中心市街地整備改善活性化法第八条第二項第一号の規定による地域振興整備公団の出資に係る法人で政令で定めるもの　中心市街地整備改善活性化法第十七条第二項に規定する認定特定事業計画に基づき取得する中心市街地整備改善活性化法第四条第四項第二号に規定する事業により整備される同号の施設（中心市街地整備改善活性化法第八条第二項第一号イに掲げる施設に該当するものを除く。）

　　三　中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第二号に規定する事業協同組合等（以下この号において「事業協同組合等」という。）の組合員又は所属員である同条第三項に規定する中小小売商業者　中心市街地整備改善活性化法第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づき当該事業協同組合等が取得した中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第二号に規定する事業により設置された中小小売商業振興法第四条第二項の店舗で当該認定中小小売商業高度化事業計画に基づき当該事業協同組合等から取得するもの

　　四　中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第七号に掲げる者（政令で定める者に限る。）　中心市街地整備改善活性化法第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づき取得する同号に規定する事業により整備される中小小売商業振興法第四条第六項の施設

　　第八十三条の三中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条を第八十三条の四とし、第八十三条の二の次に次の一条を加える。

　　（不動産特定共同事業者が取得する土地等の所有権の移転登記の税率の軽減）

　第八十三条の三　不動産特定共同事業法第二条第三項に規定する不動産特定共同事業契約（同項第一号に掲げる契約のうち不動産の所有権を出資するものに限る。）に係る不動産取引の目的となる不動産につき当該不動産特定共同事業契約においてその業務の執行の委任を受けた者が、当該不動産特定共同事業契約に係る出資により同条第六項に規定する事業参加者から当該不動産を取得した場合には、当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三十とする。

　　第八十四条第二項中「旅客鉄道株式会社（東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社及び西日本旅客鉄道株式会社をいう。）」を「東海旅客鉄道株式会社」に、「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。

　　第八十四条の二中「（昭和六十一年法律第九十二号）」を削る。

　　第五章中第八十四条の三を第八十四条の四とし、第八十四条の二の次に次の一条を加える。

　　（鉄道事業者が日本国有鉄道清算事業団から無償で取得する鉄道施設に係る土地等の所有権の移転登記の税率の軽減）

　第八十四条の三　鉄道事業法第七条第一項に規定する鉄道事業者が、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、日本国有鉄道清算事業団法附則第十三条第一項の規定により日本国有鉄道清算事業団から無償で取得する同項各号に掲げる鉄道施設（同条第二項の規定により日本国有鉄道清算事業団から無償で貸付けを受けている鉄道施設で既に当該鉄道事業者の事業の用に供されているものに限る。）に係る土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十二・五とする。

　　第八十七条の二第一項中「平成十年九月三十日」を「平成十年四月三十日」に、「及び第三項」を「から第四項まで」に、「及び酒税法の一部を改正する法律」を「並びに酒税法の一部を改正する法律」に改め、「附則第四条第一項」の下に「及び第二項」を加え、「同項」を「同条第一項及び第二項」に、「第四項」を「第五項」に改め、同条第五項中「第三項」を「第四項」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項中「前三項」を「前各項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項中「平成十三年十月一日」を「平成十二年十月一日」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項中「平成十三年九月三十日」を「平成十二年九月三十日」に、「附則第四条第二項」を「附則第四条第三項」に、「第四項」を「第五項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。

　２　平成十年五月一日から同年九月三十日までの間に酒類の製造場から移出され、又は保税地域から引き取られる次の表の上欄に掲げる酒類でアルコール分が十三度未満のものに対する酒税の税率は、酒税法第二十二条第一項及び酒税法の一部を改正する法律（平成九年法律第二十一号）附則第四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされ同項の規定により読み替えられた同法による改正前の酒税法第二十二条第一項の規定にかかわらず、同表に掲げる区分に応じ、一キロリットルにつき、第五項に掲げる算式により算出した金額とする。