（目的）

第一条　この法律は、特定非営利活動法人の果たすべき社会的役割の重要性にかんがみ、その行う特定非営利活動の促進を図るため、内閣府の外局として特定非営利活動法人税制特例認定委員会を設置するとともに、当該委員会の認定を受けた特定非営利活動法人に係る法人税法（昭和四十年法律第三十四号）、所得税法（昭和四十年法律第三十三号）及び相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）等の特例を定めることを目的とする。

　（定義）

第二条　この法律において「特定非営利活動」とは、特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項に規定する特定非営利活動をいう。

２　この法律において「特定非営利活動法人」とは、特定非営利活動促進法第二条第二項に規定する特定非営利活動法人をいう。

３　この法律において「認定特定非営利活動法人」とは、第三条第一項の認定を受けた特定非営利活動法人をいう。

４　この法律において「公社債」、「貸付信託」、「投資信託」又は「特定目的信託」とは、それぞれ、所得税法第二条第一項第九号、第十二号、第十二号の二又は第十五号の四に規定する公社債、貸付信託、投資信託又は特定目的信託をいう。

５　この法律において「山林所得の金額」、「譲渡所得の金額」又は「雑所得の金額」とは、それぞれ、所得税法第三十二条第三項、第三十三条第三項又は第三十五条第二項に規定する山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額をいう。

　（認定）

第三条　特定非営利活動法人税制特例認定委員会（以下この章において「委員会」という。）は、特定非営利活動法人の申請により、当該特定非営利活動法人が次の各号のいずれにも該当する者である旨の認定をすることができる。

　一　その設立の日から起算して一年以上の期間が経過していること。

　二　当該認定の申請の前一年分の確定した決算において、その行う特定非営利活動に係る事業に要した経費の額が当該特定非営利活動法人の総事業費の額のうちに占める割合が、百分の七十五以上であること。

　三　当該認定の申請の前一年分の確定した決算において、その受けた寄附金、会費、助成金、補助金その他の政令で定める収入金（第八条第二項において「寄附金等」という。）の額とその行う特定非営利活動に係る事業に係る収入金額との合計額が当該特定非営利活動法人の総収入金額のうちに占める割合が、百分の七十五以上であること。

　四　当該特定非営利活動法人の役員及び役員に準ずる者として政令で定める者（以下この項、次条第二項及び第八条第二項において「役員等」という。）のうち親族関係を有する者及びこれらと政令で定める特殊の関係がある者（次号及び次条第二項第四号において「親族等」という。）の数が役員等の数のうちに占める割合並びに役員等のうち当該特定非営利活動法人と政令で定める取引関係にある者（法人にあっては、その役員及び役員に準ずる者として政令で定める者）（次号及び次条第二項第五号において「取引関係者等」という。）の数が役員等の数のうちに占める割合が、いずれも三分の一以下であること。

　五　当該特定非営利活動法人の設立者、役員等若しくは社員若しくはこれらの者の親族等又は取引関係者等に対し、施設の利用、金銭の貸付け、資産の譲渡、給与の支給、役員等の選任その他財産の運用及び事業の運営に関して特別の利益を与えないこと。

　六　当該特定非営利活動法人につき法令、法令に基づいてする行政庁の処分又は定款に違反する事実その他公益に反する事実がないこと。

２　前項の認定の有効期間は、当該認定の日から起算して三年とする。

　（認定の申請）

第四条　前条第一項の認定を受けようとする特定非営利活動法人は、委員会に、その旨及び次の事項を記載した認定申請書を提出しなければならない。

　一　名称及び住所並びに代表者の氏名

　二　その設立年月日

　三　その行う特定非営利活動の種類及び当該特定非営利活動に係る事業の種類

２　前項の認定申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。

　一　定款

　二　当該認定の申請の前一年分の確定した決算に関する書類で政令で定めるもの

　三　役員等全員の氏名及び住所又は居所を記載した書面

　四　役員等のうち親族等全員の氏名を記載した書面

　五　役員等のうち取引関係者等全員の氏名を記載した書面

　六　その他政令で定める書類

　（再申請）

第五条　第三条第一項の認定を現に受けている特定非営利活動法人が再度の認定の申請を行う場合については、政令で定めるところにより、簡易な手続によることができる。

　（通知）

第六条　委員会は、第三条第一項の認定をしたときはその旨を、当該認定をしないことを決定したときはその旨及びその理由を、政令で定めるところにより、遅滞なく、当該認定の申請をした特定非営利活動法人に書面で通知しなければならない。

　（公示）

第七条　委員会は、第三条第一項の認定をしたときは、政令で定めるところにより、遅滞なく、当該認定特定非営利活動法人の名称及び住所を公示しなければならない。公示した事項に変更があったときも、同様とする。

　（書類の備置き等及び閲覧）

第八条　認定特定非営利活動法人は、当該認定を受けた日から起算して三年を経過する日までの間、第四条第二項各号に掲げる書類（同項第六号に掲げる書類にあっては、政令で定めるものを除く。）（これらの記載内容に変更があった場合は、当該変更後の書類）を主たる事務所に備え置くとともに、これらの書類について閲覧の請求があった場合には、正当な理由がある場合を除いて、これを閲覧させなければならない。

２　認定特定非営利活動法人は、毎年（事業年度を設けている場合は、毎事業年度。次条第二項において同じ。）初めの三月以内に、政令で定めるところにより、前年（事業年度を設けている場合は、前事業年度。以下この項において同じ。）において行った役員等との間の取引で政令で定めるものの内容を記載した書面、役員等のうち前年において報酬又は給与を受けたことがある者全員の氏名及びその受けた報酬又は給与の額を記載した書面、前年において受けた寄附金等で政令で定めるものにつきその支出をした者全員の氏名及び住所（その者が法人である場合は、その名称及び住所並びに代表者の氏名）並びにその額を記載した書面並びに政令で定める事項を記載した書面を作成し、これらを、その年の翌々年（事業年度を設けている場合は、翌々事業年度）の末日までの間、主たる事務所に備え置くとともに、これらの書面について閲覧の請求があった場合には、正当な理由がある場合を除いて、これを閲覧させなければならない。

　（書類の提出及び公開等）

第九条　認定特定非営利活動法人は、第四条第二項各号に掲げる書類の記載内容に変更があった場合には、その旨を記載した書面及び当該変更後の書類を、政令で定めるところにより、遅滞なく、委員会に提出しなければならない。

２　認定特定非営利活動法人は、政令で定めるところにより、毎年一回、特定非営利活動促進法第二十九条第一項に規定する事業報告書等及び役員名簿等（第四条第二項又は前項の規定により既に提出したものを除く。）のほか、前条第二項に規定する書類を委員会に提出しなければならない。

３　委員会は、認定特定非営利活動法人から提出を受けた当該認定特定非営利活動法人に係る次に掲げる書類について閲覧の請求があった場合には、政令で定めるところにより、これを閲覧させなければならない。ただし、第一号及び第二号に掲げる書類にあっては当該認定特定非営利活動法人に係る第三条第一項の認定の日から起算して三年を経過したとき、第三号に掲げる書類にあっては当該書類の提出を受けた日から起算して三年を経過したときは、この限りでない。

　一　第四条の規定により提出を受けた同条第一項の認定申請書又は同条第二項各号に掲げる書類（同項第六号に掲げる書類にあっては、政令で定めるものを除く。次項において同じ。）

　二　第一項の規定により提出を受けた書類（第四条第二項第六号に掲げる書類にあっては、政令で定めるものを除く。）

　三　前項の規定により提出を受けた事業報告書等若しくは役員名簿等又は前条第二項に規定する書類

４　委員会は、第三条第一項の認定をしたときは当該認定に係る第四条第一項の認定申請書及び同条第二項各号に掲げる書類の内容を、認定特定非営利活動法人から第一項又は第二項の規定により書類の提出を受けたときは当該書類（第一項の規定により提出を受けた書類のうち第四条第二項第六号に掲げる書類にあっては、政令で定めるものを除く。）の内容を、政令で定めるところにより、遅滞なく、官報により公表しなければならない。

　（情報の提供）

第十条　委員会は、認定特定非営利活動法人の事務所が所在する都道府県の知事に対し、前条第三項の閲覧に係る書類（同項第三号に掲げる事業報告書等及び役員名簿等を除く。）の写し（この項の規定により既に送付したものを除く。）を送付しなければならない。

２　認定特定非営利活動法人は、政令で定めるところにより、前項の書類の写しを委員会に提出しなければならない。

３　都道府県の知事は、条例で定めるところにより、第一項の規定により送付を受けた書類の写しを閲覧させることができる。

　（認定の取消し）

第十一条　委員会は、認定特定非営利活動法人につき次の各号のいずれかに該当する事由があったときは、当該認定特定非営利活動法人に係る第三条第一項の認定を取り消すものとする。

　一　偽りその他不正の手段により当該認定を受けたことが判明したこと。

　二　認定時において第三条第一項各号のいずれかに該当していなかったことが認定後において判明したこと。

　三　認定後において第三条第一項第四号から第六号までのいずれかに該当しなくなったと認められること。

　四　第八条第一項若しくは第二項又は第九条第一項若しくは第二項の規定に違反したこと。

２　第六条及び第七条前段の規定は、前項の取消しについて準用する。この場合において、第六条中「第三条第一項の認定をしたときはその旨を、当該認定をしないことを決定した」とあるのは、「第十一条第一項の規定により第三条第一項の認定を取り消した」と読み替えるものとする。

３　第一項の取消しを受けた特定非営利活動法人は、当該取消しの日から起算して三年を経過する日までの間は、第四条第一項の申請を行うことができない。

　（認定の失効）

第十二条　認定特定非営利活動法人につき次の各号のいずれかに該当する事由があったときは、当該認定特定非営利活動法人に係る第三条第一項の認定は、その効力を失う。

　一　当該認定の有効期間の満了

　二　特定非営利活動促進法第三十一条第一項各号（第五号を除く。）に掲げる事由による解散

　三　合併

２　認定特定非営利活動法人が、特定非営利活動促進法第三十一条第一項各号（第五号を除く。）に掲げる事由により解散したとき又は合併したときは、清算人又は当該合併後存続し若しくは当該合併により設立された特定非営利活動法人は、遅滞なく、その旨を委員会に届け出なければならない。

３　第七条前段の規定は、第一項の場合について準用する。

　（合併に係る特例）

第十三条　合併の日から起算して一年を経過していない特定非営利活動法人に係る第三条第一項、第八条及び第十一条第一項の規定の適用については、第三条第一項中「特定非営利活動法人の申請」とあるのは「合併後存続し又は合併により設立された特定非営利活動法人（以下「合併法人」という。）の申請（合併前にあっては、合併に係る特定非営利活動法人（以下「合併予定法人」という。）の共同の申請）」と、「当該特定非営利活動法人が」とあるのは「当該合併法人が」と、同項第一号中「その設立の日」とあるのは「当該合併予定法人の設立の日のうち最も早い日」と、同項第二号中「当該認定の申請の前一年分の確定した決算」とあるのは「当該合併法人の一年分の確定した決算に相当するものとして政令で定める決算」と、「その行う」とあるのは「当該合併法人の行う」と、「経費の額」とあるのは「経費の額に相当する額として政令で定めるところにより算出した額」と、「当該特定非営利活動法人の総事業費の額」とあるのは「当該合併法人の総事業費の額に相当する額として政令で定めるところにより算出した額」と、同項第三号中「当該認定の申請の前一年分の確定した決算」とあるのは「当該合併法人の一年分の確定した決算に相当するものとして政令で定める決算」と、「その受けた」とあるのは「当該合併法人が受けた」と、「の額」とあるのは「の額に相当する額として政令で定めるところにより算出した額」と、「その行う特定非営利活動に係る事業に係る収入金額」とあるのは「当該合併法人の行う特定非営利活動に係る事業に係る収入金額に相当する額として政令で定めるところにより算出した額」と、「当該特定非営利活動法人の総収入金額」とあるのは「当該合併法人の総収入金額に相当する額として政令で定めるところにより算出した額」と、同項第四号中「当該特定非営利活動法人の役員及び役員に準ずる者として政令で定める者」とあるのは「当該合併法人の役員及び役員に準ずる者として政令で定める者（合併前にあっては、これらの者となる予定の者）」と、「のうち当該特定非営利活動法人」とあるのは「のうち当該合併法人（合併前にあっては、当該合併予定法人）」と、同項第五号中「当該特定非営利活動法人の設立者、役員等若しくは社員」とあるのは「当該合併法人の設立者、役員等若しくは社員（合併前にあっては、これらの者となる予定の者）」と、同項第六号中「当該特定非営利活動法人」とあるのは「当該合併法人（合併前にあっては、当該合併予定法人）」と、第八条中「認定特定非営利活動法人」とあるのは「第三条第一項の認定を受けた合併法人」と、同条第二項中「行った」とあるのは「行った自己又は合併予定法人と」と、「前年において報酬又は給与」とあるのは「前年において自己又は合併予定法人から報酬又は給与」と、「前年において受けた」とあるのは「前年において自己又は合併予定法人が受けた」と、第十一条第一項中「認定特定非営利活動法人につき」とあるのは「第三条第一項の認定を受けた合併法人につき」と、「当該認定特定非営利活動法人」とあるのは「当該合併法人」と、同項第二号中「第三条第一項各号」とあるのは「第十三条第一項の規定により読み替えられた第三条第一項各号」と、同項第三号中「第三条第一項第四号から第六号まで」とあるのは「第十三条第一項の規定により読み替えられた第三条第一項第四号から第六号まで」とする。

２　前項に定めるもののほか、合併の日から起算して一年を経過していない特定非営利活動法人に関しこの章の規定を適用する場合における技術的読替えその他特定非営利活動法人の合併に係るこの章の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　（事実の調査）

第十四条　委員会は、第四条の規定により提出された申請書及び書類のみでは第三条第一項の認定を適正に行うことができないおそれがある場合その他第三条第一項の認定又はその取消しに関する処分を行うため必要がある場合には、委員会の事務局の当該職員に事実の調査をさせることができる。

２　委員会の事務局の当該職員は、前項の調査について必要があるときは、当該認定に係る特定非営利活動法人に質問し、又はその帳簿書類その他の物件を検査することができる。

３　委員会の事務局の当該職員は、第一項の調査について必要があるときは、当該認定に係る特定非営利活動法人に対し、金銭の支払若しくは物品の譲渡をする義務があると認められる者又は金銭の支払若しくは物品の譲渡を受ける権利があると認められるものに質問し、又はその事業に関する帳簿書類を検査することができる。

４　前二項の規定による質問又は検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

５　委員会の事務局の当該職員は、第一項の調査について必要があるときは、官公署又は政府関係機関に、当該調査に関し参考となるべき簿書及び資料の閲覧又は提供その他の協力を求めることができる。

６　委員会の事務局の当該職員は、第二項又は第三項の規定による質問又は検査をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があったときは、これを提示しなければならない。

　（政令への委任）

第十五条　この章に定めるもののほか、第三条第一項の認定及びその取消しに関し必要な事項は、政令定める。

　（保健、医療又は福祉に係る事業の非課税）

第十六条　認定特定非営利活動法人に対する法人税法第二条第十三号の規定の適用については、同号中「定める事業」とあるのは、「定める事業（認定特定非営利活動法人税制特例法（平成十三年法律第▼▼▼号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人（以下「認定特定非営利活動法人」という。）が行う特定非営利活動（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項に規定する特定非営利活動をいう。以下同じ。）であつて同法別表第一号に掲げる活動に該当するものに係る事業で政令で定めるものを除く。）」とする。

　（損金算入限度額の特例）

第十七条　認定特定非営利活動法人が各事業年度において支出した寄附金に係る法人税法第三十七条第二項の規定の適用については、同項中「その内国法人の資本等の金額又は当該事業年度の所得の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額」とあるのは、「当該事業年度の所得の金額の百分の五十に相当する金額」とする。

　（法人の損金算入限度額の特例）

第十八条　内国法人（法人税法第二条第三号に規定する内国法人をいう。）が各事業年度において認定特定非営利活動法人に対して当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業に関連して支出した寄附金に係る法人税法第三十七条第三項及び第八項の規定の適用については、同条第三項中「場合において、同項に規定する寄附金の額のうちに次の各号に規定する寄附金の額があるときは、当該各号に規定する寄附金の額の合計額」とあるのは「場合においては、次の各号に規定する寄附金の額（同項に規定する寄附金の額のうちに当該各号に規定する寄附金の額があるときに限る。）の合計額と認定特定非営利活動法人に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金（第八項において「認定特定非営利活動法人寄附金」という。）の額（前項に規定する寄附金の額のうちにこれらの寄附金の額があるときに限る。）の合計額（当該合計額が当該事業年度の所得の金額の百分の二・五に相当する金額を超える場合には、当該百分の二・五に相当する金額）との合計額」と、同条第八項中「の記載及び」とあるのは「及び認定特定非営利活動法人寄附金の額の記載並びに」と、「の明細書」とあるのは「及び認定特定非営利活動法人寄附金の明細書」とする。

　（特定非営利活動促進法の適用の特例）

第十九条　認定特定非営利活動法人に対する特定非営利活動促進法第四十六条第一項の規定の適用については、同項中「同条第三項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項に規定する法人（以下「特定非営利活動法人」という。）を除く。）」と、同条第四項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動法人を除く。）」と、同法第六十六条の規定を適用する場合には同条第一項及び第二項中「普通法人」とあるのは「普通法人（特定非営利活動法人を含む。）」と、同条第三項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動法人を除く。）」と」とあるのは、「同条第三項ただし書中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動促進法第二条第二項に規定する法人（以下「特定非営利活動法人」という。）のうち認定特定非営利活動法人以外の特定非営利活動法人を除く。）」と、「額」とあるのは「額及び認定特定非営利活動法人に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金の額」と、同項第三号中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動法人を除く。）」と、同条第四項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（認定特定非営利活動法人以外の特定非営利活動法人を除く。）」と、同法第六十六条の規定を適用する場合には同条第一項及び第二項中「普通法人」とあるのは「普通法人（認定特定非営利活動法人以外の特定非営利活動法人を含む。）」と、同条第三項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（認定特定非営利活動法人以外の特定非営利活動法人を除く。）」と」とする。

　（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律の適用の特例）

第二十条　認定特定非営利活動法人に対する経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号）第十六条第一項の規定の適用については、同項の表第二号中「みなされているもの」とあるのは、「みなされているもの（認定特定非営利活動法人税制特例法（平成十三年法律第▼▼▼号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人を除く。）」とする。

　（利子及び配当等の非課税）

第二十一条　認定特定非営利活動法人が支払を受ける所得税法第百七十四条各号に掲げる利子等、配当等、給付補てん金、利息、利益、差益、利益の分配並びに報酬及び料金（公社債若しくは貸付信託、投資信託若しくは特定目的信託の受益証券で政令で定めるもの又は投資信託及び投資法人に関する法律（昭和二十六年法律第百九十八号）第二条第二十一項に規定する投資口で政令で定めるもの（以下この条において「公社債等」という。）の利子若しくは収益の分配又は利益の配当（次項において「利子等」という。）にあっては、当該認定特定非営利活動法人が当該公社債等を引き続き所有していた期間に対応する部分の額として政令で定めるところにより計算した金額に相当する部分に限る。）（附則第四条において「利子及び配当等」という。）については、所得税を課さない。

２　前項の規定のうち公社債等の利子等に係る部分は、同項に規定する認定特定非営利活動法人が、公社債等につき政令で定めるところにより保管の委託をし、又は登録を受けており、かつ、政令で定めるところにより、当該公社債等の利子等につき同項の規定の適用を受けようとする旨その他財務省令で定める事項を記載した申告書を、当該公社債等の利子等の支払をする者を経由して税務署長に提出した場合に限り、適用する。

　（認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の寄附金控除の特例）

第二十二条　居住者（所得税法第二条第一項第三号に規定する居住者をいう。以下同じ。）が、各年において、認定特定非営利活動法人に対して当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業に関連して寄附をした場合には、当該寄附に係る支出金（以下「認定特定非営利活動法人寄附金」という。）は、当該認定特定非営利活動法人寄附金を支出した年分の所得税につき次条第一項の規定の適用を受ける場合には当該認定特定非営利活動法人寄附金を除き、所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金とみなして、同法の規定を適用する。この場合において、同条第一項中「場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額をこえるときは、そのこえる金額」とあるのは「場合においては、第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した金額（第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときに限る。）とその年中に支出した認定特定非営利活動法人（認定特定非営利活動法人税制特例法（平成十三年法律第▼▼▼号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人をいう。以下同じ。）に対する特定寄附金の額の合計額（当該合計額がその者のその年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の二十五に相当する金額を超える場合には、当該百分の二十五に相当する金額）との合計額」と、同項第一号中「特定寄付金」とあるのは「特定寄付金（認定特定非営利活動法人に対するものを除く。）」とする。

　（認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）

第二十三条　居住者が、各年において支出した認定特定非営利活動法人寄附金については、その年分の所得税の額から、その年中に支出した当該認定特定非営利活動法人寄附金の額の合計額の百分の二十五に相当する金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）を控除する。この場合において、当該控除する金額が、当該居住者のその年分の所得税の額の百分の二十五に相当する金額を超えるときは、当該控除する金額は、当該百分の二十五に相当する金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）を限度とする。

２　前項の規定は、確定申告書（所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書をいう。）に、前項の規定による控除を受ける金額についてのその控除に関する記載があり、かつ、財務省令で定めるところにより、当該金額の計算に関する明細書、当該計算の基礎となる金額その他の事項を証する書類の添付がある場合に限り、適用する。

３　所得税法第九十二条第二項の規定は、第一項の規定による控除をすべき金額について準用する。この場合において、同条第二項中「前項の規定による控除」とあるのは「前項及び認定特定非営利活動法人税制特例法第二十三条第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）の規定による控除」と、「当該控除をすべき金額」とあるのは「これらの控除をすべき金額の合計額」と読み替えるものとする。

４　その年分の所得税について第一項の規定の適用を受ける場合における所得税法第百二十条第一項第三号に掲げる所得税の額の計算については、同号中「第三章（税額の計算）」とあるのは、「第三章（税額の計算）及び認定特定非営利活動法人税制特例法第二十三条第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）」とする。

５　前三項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　（年末調整に係る認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の寄附金控除の特例）

第二十四条　各年において認定特定非営利活動法人寄附金を支出した居住者（その年中に支出した認定特定非営利活動法人寄附金の額の合計額が十万円以下である者に限り、かつ、次条の規定の適用を受ける者を除く。）が、その各年に所得税法第百九十条の規定の適用を受ける同条に規定する給与等の支払を受けるべき場合において、この項の規定の適用を受けようとする旨及び次に掲げる事項を記載した申告書をその給与等の支払者を経由してその給与等に係る所得税の同法第十七条の規定による納税地（同法第十八条第二項による指定があった場合には、その指定をされた納税地。次条において同じ。）の所轄税務署長に提出したときは、その年のその給与等に対する同法第百九十条の規定の適用については、同条第二号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額とその年中に支出した認定特定非営利活動法人税制特例法第二十二条に規定する認定特定非営利活動法人寄附金の額（その居住者がその年において提出した同法第二十四条第一項に規定する申告書に記載され、かつ、同条第二項（認定特定非営利活動法人寄附金を支出した旨を証する書類の提出）に規定する書類の提出のあつたものに限る。）につきその年中にその居住者に対し支払うべきことが確定した給与等に係る所得以外の所得がないものとして同法第二十二条の規定の適用があるものとした場合に控除されるべき金額と」とする。

　一　当該給与等の支払者の氏名又は名称

　二　その年中に支出した認定特定非営利活動法人寄附金の額の合計額

　三　その他財務省令で定める事項

２　前項に規定する申告書は、同項の給与等の支払者からその年最後に給与等の支払を受ける日の前日までに、政令で定めるところにより、同項第二号に規定する認定特定非営利活動法人寄附金の額につき、その年においてこれを支出した旨を証する書類を添付して、提出しなければならない。

３　第一項の場合において、同項に規定する申告書をその提出の際に経由すべき同項の給与等の支払者が受け取ったときは、当該申告書は、その受け取った日に同項に規定する税務署長に提出されたものとみなす。

４　第一項の規定の適用がある場合における所得税法第二条第一項第四十五号の規定の適用については、同号中「第六章まで（源泉徴収）」とあるのは、「第六章まで（源泉徴収）及び認定特定非営利活動法人税制特例法第二十四条第一項（年末調整に係る認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の寄附金控除の特例）」とする。

　（年末調整に係る認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）

第二十五条　各年において認定特定非営利活動法人寄附金を支出した居住者（その年中に支出した認定特定非営利活動法人寄附金の額の合計額が十万円以下である者に限る。）が、その各年に所得税法第百九十条の規定の適用を受ける同条に規定する給与等の支払を受けるべき場合において、この項の規定の適用を受けようとする旨及び次に掲げる事項を記載した申告書をその給与等の支払者を経由してその給与等に係る所得税の同法第十七条の規定による納税地の所轄税務署長に提出したときは、その年のその給与等に対する同法第百九十条の規定の適用については、同条第二号に掲げる税額は、当該税額に相当する金額からその年中に支出した認定特定非営利活動法人寄附金の額（当該申告書に記載され、かつ、次項において準用される前条第二項に規定する書類の提出のあったものに限る。）につきその年中にその居住者に対し支払うべきことが確定した給与等に係る所得以外の所得がないものとして第二十三条第一項の規定の適用があるものとした場合に控除されるべき金額に相当する金額を控除した金額に相当する金額とする。

　一　当該給与等の支払者の氏名又は名称

　二　その年中に支出した認定特定非営利活動法人寄附金の額の合計額

　三　その他財務省令で定める事項

２　前条第二項及び第三項の規定は、第一項の規定による申告書の提出について準用する。

３　第一項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。

　一　所得税法第二条第一項第四十五号の規定の適用については、同号中「第六章まで（源泉徴収）」とあるのは、「第六章まで（源泉徴収）及び認定特定非営利活動法人税制特例法第二十五条第一項（年末調整に係る認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）」とする。

　二　所得税法第百二十条第一項の規定の適用については、同項中「配当控除の額」とあるのは、「配当控除の額と認定特定非営利活動法人税制特例法第二十五条第一項（年末調整に係る認定特定非営利活動法人に対する寄附をした場合の所得税額の特別控除）の規定により控除される金額との合計額」とする。

　（認定特定非営利活動法人に対して不動産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）

第二十六条　認定特定非営利活動法人に対し不動産（当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業の用に現に供されているものに限る。以下この条において同じ。）の贈与又は遺贈があった場合には、当該贈与又は遺贈により、当該贈与若しくは遺贈をした者の所得に係る所得税の負担を不当に減少させ、又は当該贈与若しくは遺贈をした者の親族その他これらの者と相続税法第六十四条第一項に規定する特別の関係がある者の相続税若しくは贈与税の負担を不当に減少させる結果となると認められる場合を除き、所得税法第五十九条第一項第一号の規定の適用については、当該不動産の贈与又は遺贈がなかったものとみなす。

２　前項の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があった場合において、当該贈与又は遺贈のあった後、当該贈与又は遺贈に係る不動産（政令で定める事由により当該不動産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産。以下この項において同じ。）を受けた認定特定非営利活動法人が当該贈与又は遺贈のあった日から二年を経過した日までに認定特定非営利活動法人に該当しないこととなったとき、当該贈与又は遺贈に係る不動産が同日までに当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業の用に供されないこととなったときその他当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実が生じたときは、同項の規定にかかわらず、これらの事由が生じた時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があったものとみなす。

３　第一項の規定の適用を受ける不動産の贈与又は遺贈について第二十二条の規定の適用がある場合における同条の規定の適用については、同条中「支出金」とあるのは、「支出金（第二十六条第一項の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する不動産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で所得税法第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分を除く。）」とする。

４　第一項の規定の適用を受ける不動産の贈与又は遺贈について第二十三条第一項の規定の適用がある場合における同項の規定の適用については、同項中「当該認定特定非営利活動法人寄附金」とあるのは、「当該認定特定非営利活動法人寄附金（第二十六条第一項の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する不動産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で所得税法第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分を除く。）」とする。

　（認定特定非営利活動法人に対して相続財産を贈与した場合等の相続税の非課税）

第二十七条　相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条及び次条において同じ。）により財産を取得した者が、当該取得した財産をその取得後当該相続又は遺贈に係る相続税法第二十七条第一項又は第二十九条第一項の規定による申告書（これらの申請書の提出後において同法第三条の二に規定する事由が生じたことにより取得した財産については、当該取得に係る同法第三十一条第二項の規定による申告書。以下この条において同じ。）の提出期限までに認定特定非営利活動法人に贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この条において同じ。）をした場合には、当該贈与により当該贈与をした者又はその親族その他これらの者と同法第六十四条第一項に規定する特別の関係がある者の相続税又は贈与税の負担が不当に減少する結果となると認められる場合を除き、当該贈与をした財産の価格は、当該相続又は遺贈に係る相続税の課税価格の計算の基礎に算入しない。

２　認定特定非営利活動法人で前項の贈与を受けたものが、当該贈与があった日から二年を経過した日までに認定特定非営利活動法人に該当しないこととなった場合若しくは当該贈与により取得した財産（政令で定める事由により当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産）を同日においてなお当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動に係る事業の用に供していない場合又は当該贈与につき政令で定める事実が生じた場合には、同項の規定にかかわらず、当該財産の価額は、当該相続又は遺贈に係る相続税の課税価格の計算の基礎に算入する。

３　第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする者の当該相続又は遺贈に係る相続税法第二十七条又は第二十九条の規定による申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨を記載し、かつ、同項の贈与をした財産の明細書その他財務省令で定める書類を添付しない場合には、適用しない。

　（贈与財産が特定非営利活動に係る事業の用に供されなかった場合等の修正申告等）

第二十八条　前条第一項の規定の適用を受けて同項に規定する相続又は遺贈に係る申告書を提出した者（その者の相続人及び包括受遺者を含む。）は、同項の規定の適用を受けた財産について同条第二項に規定する事由が生じた場合には、同項に規定する二年を経過した日の翌日から四月以内に国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第十九条第三項に規定する修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該修正申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。

２　前条第一項の規定の適用を受けた者は、同項の規定の適用を受けた財産について同条第二項に規定する事由が生じたことに伴い当該財産の価額を相続税の課税価格に算入すべきこととなったことにより、相続税法第二十七条又は第二十九条の規定による申告書を提出すべきこととなった場合には、同項に規定する二年を経過した日の翌日から四月以内に国税通則法第十八条第二項に規定する期限後申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該期限後申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。

３　前二項の規定により申告書を提出すべき者がこれらの申告書を提出しなかった場合には、税務署長は、これらの申告書に記載すべきであった課税価格、相続税額その他の事項につき国税通則法第二十四条若しくは第二十六条の規定による更正又は同法第二十五条の規定による決定を行う。

４　第一項の規定による修正申告書及び前項の更正（当該申告書を提出すべき者に係るものに限る。）に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。

　一　当該修正申告書で第一項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。

　二　当該修正申告書で第一項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第十五条第二項第十三号中「法定申告期限」とあるのは「認定特定非営利活動法人税制特例法（平成十三年法律第▼▼▼号）第二十八条第一項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第二章（第十五条第二項第十三号を除く。）から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「認定特定非営利活動法人税制特例法第二十八条第一項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号並びに第六十五条第一項及び第三項中「期限内申告書」とあるのは「相続税法第二十七条又は第二十九条の規定による申告書」とする。

　三　国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。

５　第二項の規定による期限後申告書及び第三項の更正（当該申告書を提出すべき者に係るものに限る。）又は決定に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。

　一　当該期限後申告書で第二項に規定する提出期限内に提出されたものについては、これを国税通則法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。

　二　当該期限後申告書で第二項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正又は決定については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは、「認定特定非営利活動法人税制特例法第二十八条第二項に規定する期限後申告書の提出期限」とする。

　（相続税法の適用の特例）

第二十九条　認定特定非営利活動法人に対する相続税法の規定の適用については、同法第六十五条第一項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（認定特定非営利活動法人税制特例法（平成十三年法律第▼▼▼号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人（次条第四項において「認定特定非営利活動法人」という。）を含む。）」と、同法第六十六条第四項中「公益法人等」とあるのは「公益法人等（認定特定非営利活動法人を含む。）」とする。

　（地方税の課税の特例）

第三十条　地方公共団体は、この法律の趣旨にのっとり、認定特定非営利活動法人に関する地方税の課税について、国税の例に準じて、条例で特別の定めをすることができる。

　（政令への委任）

第三十一条　この章の規定の適用がある場合における法人税法、所得税法その他の法令の規定に関する必要な技術的読替えその他この章の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

　（設置）

第三十二条　内閣府設置法（平成十一年法律第八十九号）第四十九条第三項の規定に基づいて、内閣府の外局として、特定非営利活動法人税制特例認定委員会（以下この章において「委員会」という。）を設置する。

　（任務）

第三十三条　委員会は、第三条第一項の認定及びその取消しの事務の適正を図ることを任務とする。

　（所掌事務）

第三十四条　委員会は、前条の任務を達成するため、次に掲げる事務をつかさどる。

　一　第三条第一項の認定及びその取消しに関すること。

　二　認定特定非営利活動法人から提出を受けた書類の公開に関すること。

　（職権の行使）

第三十五条　委員会の委員長及び委員は、独立してその職権を行う。

　（組織）

第三十六条　委員会は、委員長及び委員二人をもって組織する。

２　委員長は、会務を総理し、委員会を代表する。

３　委員長に事故があるときは、あらかじめその指名する委員が、その職務を代理する。

　（委員長及び委員の任命）

第三十七条　委員長及び委員は、特定非営利活動に係る税制に関して優れた識見と経験を有する者のうちから、両議院の同意を得て、内閣総理大臣が任命する。

２　委員長又は委員の任期が満了し、又は欠員が生じた場合において、国会の閉会又は参議院の解散のために両議院の同意を得ることができないときは、内閣総理大臣は、前項の規定にかかわらず、同項に定める資格を有する者のうちから、委員長又は委員を任命することができる。

３　前項の場合においては、任命後最初の国会において両議院の事後の承認を得なければならない。この場合において、両議院の事後の承認が得られないときは、内閣総理大臣は、直ちにその委員長又は委員を罷免しなければならない。

　（任期）

第三十八条　委員長及び委員の任期は、三年とする。ただし、補欠の委員長又は委員の任期は、前任者の残任期間とする。

２　委員長及び委員は、再任されることができる。

３　委員長及び委員の任期が満了したときは、当該委員長及び委員は、後任者が任命されるまで引き続きその職務を行うものとする。

　（身分保障）

第三十九条　委員長及び委員は、次の各号のいずれかに該当する場合を除いては、在任中、その意に反して罷免されることがない。

　一　破産の宣告を受けたとき。

　二　禁　錮以上の刑に処せられたとき。

　三　委員会により、心身の故障のため職務の執行ができないと認められたとき、又は職務上の義務違反その他委員長若しくは委員たるに適しない非行があると認められたとき。

　（罷免）

第四十条　内閣総理大臣は、委員長又は委員が前条各号のいずれかに該当するときは、その委員長又は委員を罷免しなければならない。

　（服務等）

第四十一条　委員長及び委員は、職務上知ることのできた秘密を漏らしてはならない。その職を退いた後も、同様とする。

２　委員長及び委員は、在任中、政党その他の政治的団体の役員となり、又は積極的に政治運動をしてはならない。

３　委員長及び委員は、在任中、内閣総理大臣の許可のある場合を除くほか、報酬を得て他の職務に従事し、又は営利事業を営み、その他金銭上の利益を目的とする業務を行ってはならない。

４　委員長及び委員の給与は、別に法律で定める。

　（会議）

第四十二条　委員会は、委員長が招集する。

２　委員会の議事は、出席した委員長又は委員のうち、二人以上の賛成をもってこれを決する。

　（規則の制定）

第四十三条　委員会は、その所掌事務について、法律若しくは政令を実施するため、又は法律若しくは政令の特別の委任に基づいて、特定非営利活動法人税制特例認定委員会規則を制定することができる。

　（事務局）

第四十四条　委員会の事務を処理させるため、委員会に事務局を置く。

２　委員会の事務局に置かれる職員の任免、昇任、懲戒その他人事管理に関する事項については、国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）の定めるところによる。

　（関係行政機関との協力等）

第四十五条　委員会は、その所掌事務を遂行するため必要があると認めるときは、関係行政機関の長及び関係地方公共団体の長に対して、資料の提出、意見の開陳、説明その他の必要な協力を求めることができる。

２　委員会は、その所掌事務を遂行するため特に必要があると認めるときは、前項に規定する者以外の者に対しても、必要な協力を依頼することができる。

　（委員会の運営）

第四十六条　この法律に定めるもののほか、委員会の運営に関し必要な事項は、委員会が定める。

第四十七条　偽りその他不正の手段により第三条第一項の認定を受けた場合においては、認定特定非営利活動法人の代表者、代理人、使用人その他の従業者でその違反行為をした者は、三年以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。

第四十八条　次の各号のいずれかに該当する者は、一年以下の懲役又は二十万円以下の罰金に処する。

　一　第十四条第二項若しくは第三項の規定による当該職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又はこれらの規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者

　二　前号の検査に関し偽りの記載をした帳簿書類を提示した者

第四十九条　第十四条第一項の調査に関する事務に従事している者又は従事していた者が、その事務に関して知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用したときは、これを二年以下の懲役又は三十万円以下の罰金に処する。

第五十条　法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して第四十七条又は第四十八条の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して当該各条の罰金刑を科する。

第五十一条　次の各号のいずれかに該当する場合においては、認定特定非営利活動法人の理事又は監事は、二十万円以下の過料に処する。

　一　第八条第一項又は第二項の規定に違反して、書類を備え置かず、又はこれに記載すべき事項を記載せず、若しくは不実の記載をしたとき。

　二　第九条第一項又は第二項の規定に違反して、書類の提出を怠ったとき。

　（施行期日）

第一条　この法律は、平成十三年十月一日から施行する。ただし、第三十七条第一項中両議院の同意を得ることに関する部分は、公布の日から施行する。

　（認定基準に係る特例）

第二条　当分の間、第三条第一項第三号中「百分の七十五以上」とあるのは、「百分の五十以上」とする。

　（経過措置）

第三条　第十六条から第二十条までの規定は、法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）のこの法律の施行の日（以下「施行日」という。）以後に終了する事業年度の所得に対する法人税及び同日以後の解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税及び同日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。

第四条　第二十一条の規定は、認定特定非営利活動法人が施行日以後に支払を受けるべき利子及び配当等について適用し、同日前に支払を受けるべき利子及び配当等については、なお従前の例による。

第五条　第二十二条から第二十六条までの規定は、平成十三年分以後の所得税について適用し、平成十二年分以前の所得税については、なお従前の例による。

第六条　第二十七条から第二十九条までの規定は、施行日以後に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税又は贈与税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税又は贈与税については、なお従前の例による。

　（特別職の職員の給与に関する法律の一部改正）

第七条　特別職の職員の給与に関する法律（昭和二十四年法律第二百五十二号）の一部を次のように改正する。

　　第一条第九号の次に次の一号を加える。

　　別表第一中「大臣政務官及び長官政務官」を